
دکتر «ویلیام هارفورد» بهمراه همسر زیبایش «آلیس» در یک مهمانی کریسمس شرکت می کند. ویلیام که در مهمانی سرگرم گفتگو با دو دختر مدل است متوجه می شود مردی قصد دارد با آلیس ارتباط برقرار کند. این قضیه موجب مشاجره ای بین ان دو میشود که باعث می شود ویلیام از خانه بیرون بزند که در این حین با دوست قدیمی خود که یک پیانیست است برخورد کند که...

«مالکوم کرپو» (بروس ویلیس) روان شناس کودک، در شبی که در یک مراسم جایزهای را دریافت کرده، یکی از بیماران سابقش که اکنون بسیار خشمگین است را ملاقات می کند. بعد از برخورد با او، مالکوم مداوای پسربچهای بنام «کول» را قبول می کند که دقیقا همان علائم بیمار سابقش را دارد. این پسربچه روح مردگان را می بیند. مالکوم وقت زیادی را با بیمار جدیدش می گذراند، بطوری که این امر باعث ناراحتی همسرش می شود. از طرفی طاقت مادر کول از این مشکلات پسرش به سر آمده و اکنون مالکوم تنها امید کول است.

توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانهای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شبها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگیاش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانهای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسانها توسط گونهای از ماشینها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشینها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامههای قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.