این بار گودزیلا به قصد ایجاد رعب و وحشت به ژاپن باز می‌گردد. اما غافل از اینکه ژاپنی ها برای دفاع از خود دو سلاح طراحی کرده اند. یکی جانوری که متشکل از دو نیمه شیر و وال می باشد و دیگری یک کشتی با تکنولوژی بالا می باشد...
در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت شعاع یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...
به دنبال جنگ جهانی دوم، یک پروفسور بازنشسته که به روزهای انتهایی زندگی خود نزدیک می شود زندگی خود را در توکیوی جنگ زده دچار تغییر می بیند. او که ناامیدی اش را انکار می کند به نویسندگی روی آورده و تولدش را به همراه دانشجویانش جشن می گیرد...
روايت هشت قصه: «خورشيد از وراي باران»، «باغ هلو»، «کولاک»، «تونل»، «کلاغ ها»، «کوه فيجي در هاله اي سرخ»، «شيطان گريان» و «دهکده ي آسياب هاي بادي».
سی سال پس از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید برخواسته و به ژاپن حمله می کند...
چند بیگانه‌ی فضایی با طرح نقشه‌ای می‌کوشند تا کره زمین را تسخیر کنند. آنها دو هیولا با نام های "شاه گیدورا" و "گیگان" را به کار می‌گیرند که از یک مرکز مخفی روی زمین کنترل می‌شوند. حال نوبت آن رسیده تا گودزیلا با کمک دوستش "آنزیلا" برای مقابله با آن ها وارد نبردی خطرناک شود...
در پی آلودگی سطح زمین هیولایی جدید به وجود می‌آید به نام "هدورا" ! این جانور غول پیکر توانایی تشکیل مه های سمی و بزرگ را دارد، و با همین قابلیت قصد تخریب ژاپن و نابودی گودزیلا را دارد...
بیگانه های از سیاره مرموز ایکس به زمین آمده و از انسانها درخواست می کنند تا اجازه دهند از گودزیلا و رودان برای مبارزه با گیدرا ظالم استفاده کنند. اما آنها قصد دارند با استفاده از این سه هیولا زمین را تصاحب کنند...
نیروهای بیگانه کنترل هیولاهای زمین را بدست گرفته و تلاش می کنند نژاد بشر را نابود کنند...