در ۵۰ امین سالگرد گودزیلا، او به سفری دور دنیا می رود تا دشمنان قدیمی اش را جمع کند و به جنگ با دشمنی به نام "هیولای ناشناخته" بروند...
یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت شعاع یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...
مسافران زمان سعی می‌کنند تا با استفاده از گودزیلا ژاپن را با خاک یکسان کنند تا بتوانند از آینده‌ی سیاه اقتصادی که قرار است برای این کشور به وجود آید، جلوگیری کنند اما...
ماجرای این فیلم درباره‌ی گروهی از تبهکاران آمریکایی است که می خواهند به سلول‌های گودزیلا دست یابند. آن ها موفق می شوند سلول را از یک دانشمند ژاپنی بدزدند، اما ناخواسته باعث کشته شدن دختری وی نیز می شوند. دانشمند برای گرفتن انتقام سلول های گودزیلا و یک گیاه را با هم ترکیب کرده و هیولایی به نام "بیولانته" را خلق می کند...
سی سال پس از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید برخواسته و به ژاپن حمله می کند...