این بار گودزیلا به قصد ایجاد رعب و وحشت به ژاپن باز می‌گردد. اما غافل از اینکه ژاپنی ها برای دفاع از خود دو سلاح طراحی کرده اند. یکی جانوری که متشکل از دو نیمه شیر و وال می باشد و دیگری یک کشتی با تکنولوژی بالا می باشد...
به دنبال جنگ جهانی دوم، یک پروفسور بازنشسته که به روزهای انتهایی زندگی خود نزدیک می شود زندگی خود را در توکیوی جنگ زده دچار تغییر می بیند. او که ناامیدی اش را انکار می کند به نویسندگی روی آورده و تولدش را به همراه دانشجویانش جشن می گیرد...
روايت هشت قصه: «خورشيد از وراي باران»، «باغ هلو»، «کولاک»، «تونل»، «کلاغ ها»، «کوه فيجي در هاله اي سرخ»، «شيطان گريان» و «دهکده ي آسياب هاي بادي».
سی سال پس از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید برخواسته و به ژاپن حمله می کند...
در پی آلودگی سطح زمین هیولایی جدید به وجود می‌آید به نام "هدورا" ! این جانور غول پیکر توانایی تشکیل مه های سمی و بزرگ را دارد، و با همین قابلیت قصد تخریب ژاپن و نابودی گودزیلا را دارد...
بیگانه های از سیاره مرموز ایکس به زمین آمده و از انسانها درخواست می کنند تا اجازه دهند از گودزیلا و رودان برای مبارزه با گیدرا ظالم استفاده کنند. اما آنها قصد دارند با استفاده از این سه هیولا زمین را تصاحب کنند...
نیروهای بیگانه کنترل هیولاهای زمین را بدست گرفته و تلاش می کنند نژاد بشر را نابود کنند...
یک مرد جوان برای پیدا کردن برادرش یک قایق می دزدد. اما در میانه راه قایق وازگون می شود و او سر از یک جزیره اسرار آمیز در می آورد که ساکنین آن هیولای دریایی غول پیکر و گودزیلا می باشند...
تاجری حریص ماشینهای غول پیکری برای خالی کردن بخشی از اقیانوس برای ساخت آپارتمانهای لوکس مستقر می کند. پس از یک طوفان، تخمی عظیم الجثه به ساحل آمده و به سرعت در معرض دید عموم قرار می گیرد. اما وقتی تاجر گودزیلا را بیدار می کند، هیولا بار دیگر به توکیو حمله می کند...