۴ سال پس از حوادث پارک ژوراسيک در جزيره نوبلار، «جان هاموند» در می يابد که در جزيره سورنا واقع در نزديکی جزيره نوبلار تعدادی زيادی دايناسور پرورش يافته اند. گروهی به رهبری پسر عموی هاموند که اکنون کنترل شرکت اينجن را در دست گرفته تصميم دارند تا اين دايناسورها را اسير کرده و به پارک دايناسورها در سان ديگو منتقل کنند تا از اين طريق بتواند درآمد کلانی را بدست آورند...
در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت شعاع یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
کشورهای متحد سلاحی نهایی را برای مقابله با گودزیلا می سازند، در همین حین دانشمندان تخمی عظیم الجثه در یکی از جزایر ژاپن پیدا می کنند و...
دانشمندان در یک جزیره پارکی تفریحی ساخته و در آن دایناسورها را شبیه‌سازی کرده‌اند. «جان هموند» گروهی از دانشمندان را برای بازدید از پارک پیش از بازگشایی همگانی فرا می‌خواند. به سبب سهل انگاری کارکنان، دسته ای از دایناسورها آزاد می‌شوند و بازدیدکنندگان و کارشناسان می‌کوشند برای نجات خود از جزیره بگریزند.
داستان فیلم درباره دو برادر به اسم های ماریو ماریو و لویجی ماریو است که وارد یک دنیای متفاوت و مخفی به اسم "دينوهاتان" می شوند که در آنجا بایستی با موجودات اهریمنی مبارزه کنند تا یک پرنسس را نجات دهند .
با تغيير آب و هواي دنيا، دايناسورهاي گياه خوار که با کمبود مواد غذايي روبه رو شده اند، به سوي «دره ي بزرگ»، قلمرويي افسانه اي که در آن گياهان فراواني يافت مي شود، به راه مي افتند...
سی سال پس از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید برخواسته و به ژاپن حمله می کند...
یک گروه کاوشگر نفت، به جزیره ای می روند و در آنجا با یک گوریل عظیم الجثه مواجه می شوند.