
۱۰ سال بعد از تلاش برای نجات نابو، کهکشان در آستانه جنگ داخلی قرار می گیرد. تحت رهبری «جدای» خائن، هزاران سیستم خورشیدی تهدید به جدا شدن از جمهوری کهکشانی می شوند. شاگرد هوشیار و لجوج «جدای» که یک شوالیه دلیر است به همراه ملکه به قلب این کشمکش کشیده می شوند و جنگ آغاز می شود...

فدراسیون تجاری، رفت وآمد به سیاره صلح جو نابو را به منظور حل یک کشمکش تجاری کهکشانی مسدود کردهاست. صدراعظم والوروم، رئیس مجلس سنای جمهوری کهکشانی به طور محرمانه دو شوالیه جدای به نامهای کوایگان جین و شاگرد او اوبیوان کنوبی را برای دیدار با فدراسیون تجاری و حل بحران به آنجا میفرستد، غافل از اینکه فدراسیون تجاری با یک لرد سیت مرموز، دارت سیدیوس همپیمان گشته که به آنها دستور داده است تا با ارتش عظیم درویدهایشان به نابو حمله کرده و دو شوالیه جدای را به قتل برسانند...

توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانهای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شبها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگیاش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانهای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسانها توسط گونهای از ماشینها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشینها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامههای قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.