یک سال پس از نبرد میان گوزیلا و مکاگودزیلا، دو هیولا به همراهی "مونثرا" برای مبارزه با گودزیلا پا به میدان می گذارند...
بروس بنر، یک محقق ژنتیک با گذشته‌ای غم انگیز، بخاطر یک بیماری هر موقع که خشمگین میشود به غول سبز بزرگ خشمگین تبدیل میشود.
سه جانور باستانی از خواب برمی‌خیزند تا از ژاپن در برابر گودزیلا محافظت کنند...
این بار گودزیلا با موجودی بیگانه و اسرارآمیز که تبدیل به هیولایی به نام "اورگا" می شود مبارزه می کند. آنها برای مبارزه نهایی در شهر شینجوکو به هم می رسند...
داستان درباره ی پسریست که با یک ربات آهنی غول پیکر فضایی دوست میشود . رباتی که به طرز عجیبی بی آزار و صلح طلب است اما هیچ چیز مانع تلاش مامور شکاک دولتی برای نابودی این ربات بی گناه نمیشود .
در حالی که پرندگان غول پیکر در سطح جهان در پرواز اند و وفاداریشان را به "گامرا" ثابت می کنند، در یک روستای کوچک ژاپن، یک زن ژاپنی راه گرفتن انتقامش را پیدا می کند...
بر اثر آزمايش هاي اتمي فرانسوي ها و غرق شدن يک کشتي عظيم ژاپني در اقيانوس آرام، رد پاي موجودي غول آسا در پاناما پديدار مي شود. کمي بعد موجودي غول آسا، «گودزيلا» وارد نيويورک مي شود و پس از آن که مورد حمله ي نيروهاي ارتش قرار مي گيرد و زخمي مي شود، «دکتر نيکو» (برادريک) مقداري از خونش را آزمايش مي کند و در مي يابد تخم ريزي کرده است.
اوایل قرن ۲۱ شهاب سنگی در قطب جنوب سقوط کرد وقتی دانشمندان برای تحقیق به محل حادثه اعزام شدند انفجار دیگری رخ داد که به “Second Impact” طبقه بندی شد. شینجی ایکاری پسری ۱۴ ساله که برای دیدن پدرش به شهر Tokyo۳ اومده شهری قلعه مانند که توسط مجودات غول پیکری به نام “Angels” به محاصره در اومده و...
در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت شعاع یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...