لوپین سوم با خواهران کیسوگی به رقابت می‌پردازد تا یک مجموعه سه تکه نقاشی را که یک‌بار متعلق به پدرشان بوده و کلید یک راز بی‌پاسخ است را دزدیده و برای خود به دست آورد...
داستان این انیمه درباره اتحاد میان انسان ها، بیگانه ها و گودزیلا با هم است تا در مقابل موجودی قدرتمند به نام گیدورا قرار بگیرند و ….
هورو ساکاکی و متحدانش پس از شکست خردشده در دست خداوند زمین، هورو ساکاکی و متحدانش با یک قبیله مهاجم اسرارآمیز، که از انسانهایی که ۲۰،۰۰۰ سال پیش در زمین پشت سر گذاشته بودند، روبرو می شوند، کشف یک قلعه محاصره شده از شهر که از گودزیلا بلند شده است
در آینده ای نه چنداندور نژاد بشر توسط بیگانگان در حال نابودی است و انسان های کمی که باقی مانده اند باید برای نجات نژاد بشر مبارزه کنند و…
در آینده دور تمدن انسان ها کاملاً با تکنولوژی در هم آمیخته شده و شهرها تمام خودکار شده اند. تا اینکه یک ویرویس باعث نقص فنی در این سیستم می شود و جوامع انسانی را رو به انقراض می‌برد...