دساتان فیلم در رابطه با بیماری ناشناخته‌ای است که بیش از ۹۸ درصد از کودکان و نوجوانان آمریکایی را به کام مرگ می‌کشد و درصد باقی مانده گروهی هستند که توانایی های ویژه‌ای دارند. دولت که به قدرت‌های فرا طبیعی این کودکان پی برده آن‌ها را در محلی نگه‌داری و از دنیای بیرون قرنطینه می‌کند تا اینکه دختری شانزده ساله از کمپ فرار می‌کند و...
پاندا کونگ فوکار ۳ ادامه “ماجراهای افسانه ای از هیبت” خود، پو باید با حوادثی که برایش پیش میاید مبارزه کند...
پاندای کونگ فو کار که در قسمت قبل بعد از سپری کردن تمرین های سخت و طاقت فرسا بالاخره توانست خودش را به عنوان جنگجوی اژدها اثبات کند، در این قسمت تصمیم گرفته تا به دنبال ریشه خود بگردد تا متوجه گذشته خود شود. در گیر و دار جستجوهای «پو» برای یافتن والدین واقعی اش، یک طاووس خونسرد و البته بی رحم به نام ارباب «شین» هوس کرده تا کل جهان را به تصرف خود درآورد و بساط کونگ فو را به صورت کامل از زمین ریشه کن کند...