
«ادوارد ويلسون» (مت دیمون) به عنوان يك دانشجوي خوشبين و مثبت در دانشگاه درس مي خواند و جذب انجمن جمجمه و استخوان مي شود. اين انجمن محلي است براي پرورش فكري و آينده سازي رهبران آينده جهان. تيز هوشي ويلسون و عظمت و خوشنامي وي و اعتمادي كه به ارزش هاي آمريكايي دارد او را بهترين كانديد براي كار كردن در اين سازمان مي كند و در جنگ جهاني دوم جذب سازمان O.S.S مي شود كه اين سازمان بعد ها باعث بوجود آمدن سازمان C.I.A مي باشد.

فیلم در دوران ماقبل تاریخ شروع می شود جائیکه با ظهور بلوکه ای عظیم میمونها وحشتزده به اینسو و انسو می روند. سپس به عصر مدرن می رویم جائیکه بلوکه ای دیگر روی ماه کشف شده است که امواجی را مداوما به مشتری می فرستد. دکتر دیوید بومن (کی ر دول آ)، فرانک پولی (گری لاکوود)، سه دانشمند منجمد شده و هال ۹۰۰۰ کامپیوتری که مغز سفینه است به مشتری فرستاده شده اند تا گیرنده امواج را شناسایی کنند. اما این ماموریت با خطر مواجه شده است، هال ۹۰۰۰ باید تصمیم بگیرد که جان خدمه مهم تر است و یا اهداف ماموریت.