یک سری مبارز ماهر باید با خدای کشتار که هنوز کسی موفق به شکست آن نشده مبارزه کنند...
هانتر (شکارچی) فردی است که دور دنیا سفر میکند و هر جور ماموریت خطرناکی را انجام میدهد. از دستگیر کردن مجرم ها گرفته تا کنجکاوی و جستجوی سرزمین های ناشناخته به دنبال گنج. "گون" پسر جوانی است که پدرش چندین سال پیش، وقتی که یه هانتر بوده، ناپدید شده. "گون" باور دارد که اگر بتواند پا جای پای پدرش بگذارد، ممکن است روزی بتواند دوباره به او بپیوندد. بعد از اینکه "گون" ۱۲ ساله میشود، خانه را ترک میکند و ماموریت شرکت در آزمون " هانتری " را امتحان میکند. آزمونی که بخاطر پیشرفت کندی که آزمون دهنده دارد و درصد بالای مرگش برای هانتر رسمی شدن حسابی معروف شده است. "گون" با "کوراپیکا" که به عشق انتقام زندست، "لوریو" که میخواهد در آینده دکتر شود و با "کیلوآ" که قبلا یک قاتل سرکش بوده دوست میشود و...
دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
کریشنا مورتی یکی از نویسندگان برجسته، دنیا را همانند یک پاندول ساعت می داند که این پاندول در حال نوسان است. اگر سمت راست گذشته باشد، سمت چپ آینده است و میان این دو زمان حال او اعتقاد دارد، هر چیزی که در ذهن ما است، گذشته مرده است، حتی خود فکر هم گذشته است. که داستان این انیمیشن هم مرتبط با این موضوع است.
یک بچه ی دبستانی ملقب به شونن بت (shounen bat) با چوب بیسبال طلایی و خمیده ی خود به افراد مختلف حمله می کند. دو بازرس پلیس مامور بررسی این پرونده شده تا بتوانند مانع از انجام حملات بیشتری از جانب این بچه شوند. اما به زودی آن ها متوجه خواهند شد که این پرونده فراتر از آن چیزی است که آن ها تصورش را می کردند.
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضايي‌ها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآورده‌اند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از سامورايي‌هاي شکست‌خورده را با تصميم سختي رو‌به‌رو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آينده‌شان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق مي‌کند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، مي‌پذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازه‌ي کافي باشد. اما ...
ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.
موجودی عظیم الجثه به نام اسلاگ آمده، تا زمین را تسخیر کند و ...
دنیایی که نابود شده و مردمی که در سایر سیارات منظومه شمسی زندگی می کنند . کشتی با نام Bebop که شغل ساکنان آن دستگیری مجرمان فراری و گرفتن جایزه آنهاست ، خود را Cowboy می نامند .