این بار گودزیلا به قصد ایجاد رعب و وحشت به ژاپن باز میگردد. اما غافل از اینکه ژاپنی ها برای دفاع از خود دو سلاح طراحی کرده اند. یکی جانوری که متشکل از دو نیمه شیر و وال می باشد و دیگری یک کشتی با تکنولوژی بالا می باشد...
این بار گودزیلا با موجودی بیگانه و اسرارآمیز که تبدیل به هیولایی به نام "اورگا" می شود مبارزه می کند. آنها برای مبارزه نهایی در شهر شینجوکو به هم می رسند...