در ۵۰ امین سالگرد گودزیلا، او به سفری دور دنیا می رود تا دشمنان قدیمی اش را جمع کند و به جنگ با دشمنی به نام "هیولای ناشناخته" بروند...
پس از ظهور یک گودزیلای جدید، دولت ژاپن با استفاده از استخوان بندی گودزیلای اصلی یک گودزیلای رباتیک می سازد تا...
در این قسمت مسئولین شهر سعی دارند از جانوری که تحت شعاع یک بحران هسته‌ای قرار گرفته را برای کشتن گودزیلا استفاده کنند...
و اما این بار گودزیلا توسط دو نیروی جدید تهدید می شود. یکی موگرا (از دستگاه های ساخته شده توسط سازمان ملل متحد) و دیگری یک گودزیلای فضایی. یک جانور که متشکل از ذرات گودزیلا در فضا می باشد...
کشورهای متحد سلاحی نهایی را برای مقابله با گودزیلا می سازند، در همین حین دانشمندان تخمی عظیم الجثه در یکی از جزایر ژاپن پیدا می کنند و...
در میان ویرانگری های گودزیلا، اینبار "موثرا" از راه می رسد تا نسل بشر را نجات دهد...
مسافران زمان سعی می‌کنند تا با استفاده از گودزیلا ژاپن را با خاک یکسان کنند تا بتوانند از آینده‌ی سیاه اقتصادی که قرار است برای این کشور به وجود آید، جلوگیری کنند اما...
ماجرای این فیلم درباره‌ی گروهی از تبهکاران آمریکایی است که می خواهند به سلول‌های گودزیلا دست یابند. آن ها موفق می شوند سلول را از یک دانشمند ژاپنی بدزدند، اما ناخواسته باعث کشته شدن دختری وی نیز می شوند. دانشمند برای گرفتن انتقام سلول های گودزیلا و یک گیاه را با هم ترکیب کرده و هیولایی به نام "بیولانته" را خلق می کند...
سی سال پس از حمله هیولای اصلی، یک "گودزیلای" جدید برخواسته و به ژاپن حمله می کند...