نینجای سابق جو هیگان پس از فرار از قبیله خود و فرار به مناطق روستایی آمریکا در کمین قاتلانی قرار می گیرد که به دنبال انتقام خونین از او و خانواده اش به خاطر خیانتشان هستند.
کیتارو، که همیشه تمایل به جذب ارواح داشته است، به عنوان معلم دختر کوچکی به نام یایویی استخدام می شود که می تواند ارواح را ببیند و به دنبال روحی است که مادرش را گرفته است.
داستان یک بچه خیابانی که در تلاش برای زنده ماندن در شهر آینده ای است که به فناوری و تغییرات بدنی علاقه دارد...
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
دنیایی که نابود شده و مردمی که در سایر سیارات منظومه شمسی زندگی می کنند . کشتی با نام Bebop که شغل ساکنان آن دستگیری مجرمان فراری و گرفتن جایزه آنهاست ، خود را Cowboy می نامند .