
پیرمردی در شهری بزرگ زندگی میکند و از کل جامعه فاصله گرفته است و در تنهایی به سر می برد. خانه ی کوچک او در میان آسمان خراش هایی است که هر روز بلندتر می شوند و اکنون شهرداری میخواهد خانه ی او را تخریب کند و تخلیه کند. اما پیرمرد حاضر نیست خانه اش را به هیچ وجه ترک کند به همین علت با هزاران بادکنک که به خانه اش وصل کرده است به پرواز در می آید تا سفر پر ماجرایی را آغاز کند. اما بر حسب اتفاق پسر شش ساله ی همسایه نیز با او همراه می شود و آنها در سفری به سرزمینی دور افتاده ماجراهای جالبی را تجربه میکنند.


دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.

به دنبال ورود تصادفی یک خلبان آمریکایی بنام «استیو تروور» به جزیره تمیسیرا، «آرس» خدای جنگ موفق به گریختن از زندان می شود. اکنون پرنسس «دایانا» وظیفه دارد که آرس را مجددا دستگیر کند، و همینطور خلبان را به سرزمین خودش بازگرداند. استیو تصمیم می گیرد به دایانا در شکست دادن آرس کمک کند و...