
در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام هوکیادو برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال ۱۹۹۶ سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...


ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.

اکنون جنگ با دشمنان پایان یافته و جنرال شانگ از مولان درخواست ازدواج کرده است اما مغول ها همچنان در صدد حمله به چین هستند و نداشتن نیروی نظامی کافی در چین برای مبارزه با مغول ها آن ها را به فکر اتحاد با کشور های همسایه وا داشته است که این اتحاد هزینه هایی برای کشور چین و سه پرنسس آن خواهد داشت.


سال ۱۹۲۸ بعد از میلاد،نیویورک،آمریکا بعد از جنگ جهانی اقتصاد شکوفا شده و البته حضور چیزی تاریک تر و گناهکارانه تر خیلی بیشتر از گذشته احساس می شود،گناهکاران شیطانی.مجدلیه دستور تشکیل گروهی را می دهد تا این نیرو را نابود کنند دو تن از این گروه روزت کریستوفر و و دستیارس چورنو هستند. آنها هر دو عضو سازمانی این چنینی بوده اند هر چند هدف اصلی انان پیدا کردن برادر گمشده روزت،جوشو می باشد.

موضوع فیلم درباره اثرات مخرب جنگ و تاثیر ویرانگر آن بر روی عواطف و احساسات مردم است. در داستان جنگ بزرگی اتفاق می افتد، و پادشاه از تمامی جادوگران می خواهد تا در این جنگ او را همراهی کنند. اما جادوگری به نام هاول از این امر امتناع میکند و به مبارزه با بمب افکنهای جنگی بر میآید. در این میان دختری که او را دوست دارد سعی در باطل کردن طلسم هاول دارد که همان قلب هاول است و ...


Diclonius ها موجودات شبه انسانی هستند که گفته می شود از جانب خدا برای نابودی انسان انتخاب شده اند. آنها با انسان ها دو فرق اساسي دارند: شاخهايی که روي سرشان دارند و قدرت جابه جايی اجسام از راه دور که به خاطر اين قدرت خطرناکشون توسط دولت دستگير و در آزماشگاههايی ويژه نگهداری مي شوند . يکي از اين موجودات به نام لوسي (که به شدت خطرناک است) گاردهای محافظ آزمايشگاه را به طرز فجيعی به قتل ميرساند و فرار ميکند ولی موقع فرار يک گلوله به سرش اصابت ميکند. او نمی ميرد ولی در آب ميافتد و حافظه خود را از دست ميدهد. در ساحل پسر و دختری به نامهای کوتا و يوکا او را در حالی که لباسی برتن ندارد و تنها قادر به گفتن يک کلمه است مي يابند.« نيو» تنها کلمه ای است که لوسی قادر به گفتن آن است به همين علت کوتا و يوکا او را نيو مينامند و با خود به خانه می برند. ولي لوسی هنوز روح شيطانی خود را از دست نداده...