

داستان در آیندههای تاریک بعد از نابودی قسمت عمده نسل بشر به واسطه یک فاجعه اتمی آغاز میشود. انسانها به دلیل تغییرات بیولوژیکی حاصل از بمبهای اتمی در شهرهایی زندگی میکنند که توسط حبابهایی برای محافظت احاطه شده است. در این جامعه منظم، انسانها در کنار یکدیگر زندگی میکنند و البته روباتهایی با نام AutoReivs به انسانها جهت رفاه بیشتر کمک میکنند. اما اوضاع همیشه آرام نیست و یکسری از روباتهایی که توسط ویروسی با نام Cogito آلوده شدند شروع به قتلهایی در این محیط آرام و حساس میکنند. در اینجاست خانم کاراگاهی با نام Re-l Mayer به همراه روبات دستیارش با نام ایگی شروع به تحقیقات در مورد پیدا کردن منشا این قتلها میکنند. داستان با اضافه شدن وینسنت مهاجری از شهر مسکو که او هم الان زیر حبابی قرار دارد و بار گذشته ای محنت بار را به دوش میکشد پیچیده تر میشود، از طرف دیگر بزرگان شهر بر روی طراحی یک شبه انسان با نام Proxy کار میکنند که به نظر آنها راه نجات نسل بشر از مشکلات پیش رو است...


یک بچه ی دبستانی ملقب به شونن بت (shounen bat) با چوب بیسبال طلایی و خمیده ی خود به افراد مختلف حمله می کند. دو بازرس پلیس مامور بررسی این پرونده شده تا بتوانند مانع از انجام حملات بیشتری از جانب این بچه شوند. اما به زودی آن ها متوجه خواهند شد که این پرونده فراتر از آن چیزی است که آن ها تصورش را می کردند.

در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام هوکیادو برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال ۱۹۹۶ سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...


Diclonius ها موجودات شبه انسانی هستند که گفته می شود از جانب خدا برای نابودی انسان انتخاب شده اند. آنها با انسان ها دو فرق اساسي دارند: شاخهايی که روي سرشان دارند و قدرت جابه جايی اجسام از راه دور که به خاطر اين قدرت خطرناکشون توسط دولت دستگير و در آزماشگاههايی ويژه نگهداری مي شوند . يکي از اين موجودات به نام لوسي (که به شدت خطرناک است) گاردهای محافظ آزمايشگاه را به طرز فجيعی به قتل ميرساند و فرار ميکند ولی موقع فرار يک گلوله به سرش اصابت ميکند. او نمی ميرد ولی در آب ميافتد و حافظه خود را از دست ميدهد. در ساحل پسر و دختری به نامهای کوتا و يوکا او را در حالی که لباسی برتن ندارد و تنها قادر به گفتن يک کلمه است مي يابند.« نيو» تنها کلمه ای است که لوسی قادر به گفتن آن است به همين علت کوتا و يوکا او را نيو مينامند و با خود به خانه می برند. ولي لوسی هنوز روح شيطانی خود را از دست نداده...