
دو سال پس از آخرين جنگ با سفيرات (Sephiroth) می گذشت. رافوس شينرا (ShinRa) سعي كرد دوباره شهر بزرگ را درست كند.اما در راه ساخت ،سه مرد در مقابل او ايستادند.اين سه مرد به دنبال مادرشان ميگشتند و سعي داشتند سفيرات را دوباره برگردانند.از اين رو كلود (Cloud) دوباره مجبور شد در مقابل كسي قرار بگيرد كه تهديد كرد دنيا را نابود خواهد ساخت.

در آینده ای دور یک گروه قدرتمند به اسم «اتحادیه» بر کهکشان حکومت می کنند. این گروه که بصورت استبدادی بر تمام سیارات تسلط دارد همواره در تلاش هستند تا مخالفان و شورشیان را سرکوب کنند. یک گروه از این شورشیان به فرماندهی کاپیتان «مالکوم» سوار بر یک سفینه قدیمی با نام «سرنیتی» سعی دارند تا از دست نیروهای اتحادیه بگریزند. در همین زمان دختری به اسم «ریور» که قادر به خواندن ذهن افراد است موفق می شود ذهن گروهی از سیاستمداران اتحادیه را خوانده و پی به اسرارشان ببرد. به همین خاطر او به کمک برادرش «سایمن» از دست نیروهای اتحادیه و به خصوص مامور بی رحمی به اسم «آپریتیو» گریخته و در ادامه آنها به سفینه سرنیتی پناهنده می شوند.

داستان انیمیشن دربارهی رویارویی دختری جوان با موجودی ماورای زمینی است. لیلو دختری تنها و اهل هاوایی است که یک سگ کوچک زشت را برای نگهداری قبول میکند و او را استیچ مینامد. استیچ میتواند یک حیوان دست آموز تمام عیار باشد به شرطی که واقعاً نتیجهی یک تحقیق ژنتیکی نباشد که از سیارهای بیگانه گریخته و روی زمین سقوط کرده!

«ادي» يک کنترل کننده ي هوايي کامپيوتري است که هدايت «تلون جت» - نسل جديد هواپيماهاي پنهان که مي توانند از ديد رادار دشمن مخفي بمانند - را به عهده دارد. موقع بازگشت از مأموريتي، هواپيماي «ادي» مورد اصابت صاعقه قرار مي گيرد و «ادي» شروع مي کند به خودسرانه عمل کردن. حالا، پيش از اين که «ادي» باعث آغاز جنگ جهاني سوم شود، بايد جلوي او را گرفت...

تمام دنیا به تسخیر مردگان متحرک در آمده و آخرین انسانهای بازمانده در یک شهر حصارکشی شده، زندگی می کنند. اما این شهر دیگر امنیت سابق خود را ندارد، زیرا نیروهای شورشی قصد دارند رهبر این شهر را سرنگون سازند، و از طرف دیگر زامبیها رفته رفته به موجودات باهوشتری تبدیل شده اند و نگه داشتن آنها پشت حصارها کار سادهای نیست.