
داستان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی هیولای کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...

یک سال پس از اینکه ۷ دانش آموز محلی در نزدیکی مرز کانادا و در یک مهمانی بدون هیچ توضیحی به قتل میرسند، دو جوان تازه فارغ التحصیل شده از دبیرستان تراویس و نیت برنامه میریزند به کانادا بروند. نیمه شب در اواسط راه آنها تصمیم میگیرند شب را در جنگل صبح کنند، اما بزودی در می یابند که موجودی اسرار آمیز به دنبال آنهاست...