لوگان (هیوجکمن) در ژاپن به سر می برد و در آنجا با سامورایی ها درگیر می شود و نبردی حماسی برای او رقم می خورد که زندگی او را برای همیشه تحت تاثیر قرار میدهد...
مردان ایکس گرد هم آمده‌اند تا یک مامور جهش یافته که قصد جان رئیس جمهور را کرده است، را بیابند. در پی این حادثه، آکادمی انسان‌های جهش یافته مورد حمله ارتش قرار می گیرد.
یک دارو برای از بین بردن ژن ایکس ایجاد شده است. در میان انسان‌های جهش یافته دو گروه بوجود می آیند: «مردان ایکس»، که توسط پروفسور چارلز ژاویر رهبری می شود، و «برادری»، گروهی از جهش یافتگان قدرتمند که «مغناطیس»، دوست سابق پروفسور ژاویر در راس آن‌ها قرار دارد.
قبل از اینکه «چارلز ژاویر» (جیمز مک‌آووی) و «اریک لنشر» (مایکل فسبندر) به نام‌های پروفسور ایکس و مغناطیس مشهور شوند، دو مرد جوان بودند که به قدرت‌های بخصوصشان پی می بردند. قبل از اینکه به دشمنان قسم خورده تبدیل شوند، آن‌ها بهترین دوستان یکدیگر بودند و به همراه دیگر جهش یافتگان در مقابل بزرگترین تهدید جهان صف آرایی کردند. و در همان زمان بود که اولین اختلافات در بین آن دو شکل گرفت...
مردان ایکس، ولوورین را به گذشته می فرستند تا از اتفاقی که منجر به نابودی انسان ها و جهش یافتگان در آینده می شود، جلوگیری کند...
جنگ بزرگی بین ارتش کریپتونسول ها و مردا ایکس رخ می دهد که عامل این ها ، ظهور مردی از دل کویری در یکی از سیاره های دور از کهکشان راشیل است که با قدرت مهار نشدنی اش ، جنگی به پا می کند که به نبرد آخار الزمان معروف است و …
جین گری وقتی با یک نیروی کیهانی رمزآلود برخورد می‌کند در آستانه‌ی مرگ قرار می‌گیرد. این نیرو نه تنها او را بینهایت قوی‌تر ، بلکه ناپایدارتر می‌کند. با توجه به اینکه قدرت جین در حال خارج شدن از کنترل است ، گروه او باید یک راه برای اتحاد پیدا کنند تا نه تنها روح جین را نجات دهند ، بلکه از زمین در مقابل موجوداتی که به دنبال قدرت‌های جین و سلطه بر کهکشان هستند محافظت کنند و…
در سال ۲۰۲۴، تولد جهش یافته ها بسیار کم شده و کسی به طور قطع دلیلش را نمیداند. کاشف به عمل می آید یک عملیات به ظاهر دولتی در حال تبدیل بچه های جهش یافته به ماشین های کُشتار است. حال لوگن (هیو جکمن) که توانایی شفا بخشی اش آهسته شده، باید یک دختر جهش یافته از نوع ولورین را آموزش دهد تا جلوی این عملیات را بگیرد...
لوگان بعد از جستجو برای یک زندگی معمولی، برای گرفتن انتقام قتل نامزدش، به برنامه سلاح ایکس تن میدهد و تبدیل به وولورین میشود.