داستان در مورد مارتی (ویل فرل) و روانشناسی است که زندگی او را کاملا متحول می کند...
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
چند سال پس از پایان جنگ شینوبی، بروتو پسرِ ناروتو تصمیم میگیرد در کنار ساراتا و میتسوکیِ مرموز در آزمون Chûnin شرکت کند...
هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد...
یک رقابت که از روی حسادت سه دختر دبیرستانی به هم می باشد، زمینه ساز وقوع یک جنایت مرگبار است که دامن‌گیر هر سه آنها می شود...
داستان این انیمیشن در مورد ۲ گرگ به نام آلفا و امگا می باشد که با هم مخالفت های زیادی داشتند و همیشه در حال جنگ با یک دیگر بوده اند.اما بعد از مدتی این ۲ گرگ به سرزمین غریبی برده می شود که در آن جا برای رهایی با یک دیگر دوست می شوند و…
شیاطین که زمانی تقریبا جهان را نابود کرده بودند توسط شخصی دوباره احیا می شوند.برای جلوگیری از نابودی جهان ...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...