پسر دبیرستانی به نام تسوباسا به شهر کیتامی در سمت بالای هوکایدو نقل مکان می‌کند. او در ایستگاه اتوبوس دختر گیارو جوانی را ملاقات می‌کند که «مینامی» نام دارد. منظره ایستاده‌اش تنها در برابر پس‌زمینه سفید برفی بدون پای، با وجود سرمای شدید جذابیت تسوباسا را به خود جلب می‌کند.
کیتارو، که همیشه تمایل به جذب ارواح داشته است، به عنوان معلم دختر کوچکی به نام یایویی استخدام می شود که می تواند ارواح را ببیند و به دنبال روحی است که مادرش را گرفته است.
دختر دبیرستانی پسرانه تومو آیزاوا سرانجام موفق می شود به دوست دوران کودکی خود جون بگوید که او را دوست دارد. متأسفانه، اعتراف او درست بالای سر او می رود - او حتی تا دوران راهنمایی حتی متوجه دختر بودن او نمی شد، و حتی اکنون، جون هنوز او را یک برادر می داند! چگونه تومو چان می تواند او را در غیر این صورت متقاعد کند و قلب جون را به دست آورد؟
هر ۱۰۰۰ سال ، شورای خدایان برای تصمیم گیری در مورد سرنوشت بشریت گرد هم می آیند. پس از ۷ میلیون سال تاریخ بشر ، خدایان به این تصمیم رسیدند که انسان قابل جبران نیست و باید منقرض شود.