آینده دور، ۵۰۱۲. حمله هوایی ناگهانی به زمین توسط <بیگانگان ＞ و ساخته های آنها ＜شکل های حیات ماشینی بشریت را به مرز انقراض کشاند. تعداد بازمانده‌ای از انسان‌هایی که برای سازماندهی یک ضدحمله با استفاده از سربازان اندرویدی برای بازپس گیری زمین به ماه پناه بردند. با این حال، جنگ به بن‌بست می‌رسد، زیرا «شکل‌های حیات ماشینی» به بی‌نهایت تکثیر ادامه می‌دهند. به نوبه خود، بشریت واحد جدیدی از سربازان اندرویدی را به عنوان سلاح نهایی به کار می گیرد: ＜YoRHa＞ که به تازگی به زمین اعزام شده است ＜۲B＞ به ۹S＞ می پیوندد، تحلیلگری که در حال حاضر در آنجا مستقر است، جایی که در میان ماموریت خود، آنها با تعداد بی شماری از پدیده های مرموز روبرو می شوند. این داستان این اندرویدهای بی جان و مبارزه بی پایان آنها به خاطر بشریت است.
محوریت این انیمه بر روی دانش‌آموزی به نام آساهی کاشیواگی است که یک روز صبح در راه مدرسه با تصادفات غیرعادی روبرو میشود - همه اینها مطابق با ثروت مبهمی تلویزیونی است که او آن روز صبح تماشا کرده بود و همه با یک برخورد ناگوار با یک نفر به پایان رسید. دختر اتفاقاً همه دخترانی که او ملاقات می کند دانش آموزان یا معلمان جدید مدرسه او هستند. شناخت قبلی آساهی از دختران، او را به سوء ظن یوشیو، که خود را "دوست آساهی" معرفی می کند، می کند. بعد از مدرسه، او یک نامه عاشقانه در کمد کفشش پیدا می کند که به او می گوید دوباره طبق بخت صبحگاهی به درخت گیلاس پشت مدرسه بیاید. آساهی به سمت درخت شکوفه گیلاس می رود تا ببیند چه چیزی در انتظارش است.
Shadowbrokers کسانی هستند که مورد توجه قرار نمی گیرند و خود را به عنوان افرادی غیرقابل توجه نشان می دهند، در حالی که در حقیقت، آنها همه چیز را از پشت صحنه کنترل می کنند. سید بیش از هر چیز می‌خواهد شبیه آن کسی باشد و چیزی به کوچکی واقعیت کسل‌کننده سر راه او قرار نمی‌گیرد! او هر شب مخفیانه تمرین می‌کند و برای رسیدن به قدرت نهایی خود آماده میشود - فقط برای اینکه سرنوشت خود را با یک تصادف رانندگی خطرناک (و در عین حال مرگبار) انکار کند. اما وقتی او در دنیای دیگری از خواب بیدار می شود و ناگهان خود را در راس یک سازمان مخفی واقعی می بیند که در سایه ها با شر مبارزه می کند، در نهایت فرصتی پیدا می کند تا تمام فانتزی های هذیانی خود را عملی کند!
دانش‌آموز دبیرستانی «هایاسه ناگاتورو» عاشق اینه که وقت‌های بیکاری سر به سر سنپای‌ش بذاره! بعد از اینکه ناگاتورو و دوستاش به طور تصادفی نقاشی یه هنرمند مشتاق رو پیدا می‌کنن، اونا از بی‌رحمانه سربه‌سر گذاشتن سنپای خجالتیشون لذت می‌برن. و اون با سماجت خاصی تصمیم میگیره این بازی ظالمانه رو ادامه بده و هر روز بهش سر میزد تا سنپای هر کاری که اون می‌خواد رو به سرعت انجام بده، که کاملا باعث اذیت شدن سنپای میشد. یه مقدار برنگیخته و تا حدودی ترسیده، سنپای دائما به زور وارد مسخره بازی‌هاش میشد همونطور که از سلایقش، عادت‌هاش و حتی شخصیتش بر علیه استفاده میشد و ...
گرچه برای خوش‌مشربی و دستاوردهای علمی‌‍ش مورد تحسین قرار میگرفت، دانش‌آموز دبیرستانی کیوکو هوری وجه دیگه‌ای از خودش رو پنهان می‌کرد. با والدینی که اغلب برای کار از خونه دورن، هوری مجبوره از برادر کوچک‌ترش مراقبت کنه و کارای خونه رو انجام بده، براش هیچ فرصتی برای معاشرت جدا از مدرسه باقی نذاشته بودن. در همون حال، ایزومی میامورا به عنوان یه اوتاکوی عینکی متفکر دیده میشه، هرچند در واقعیت اون یه آدم مهربونه که توی درس خوندن بی‌عرضه است. به علاوه اون نه تا پرسینگ مخفی پشت موهای بلندش و یه تتو در امتداد کمر و شونه چپش داره. خیلی اتفاقی، هوری و میامورا به همدیگه برخورد کردن...
وقتی یه تراژدی خونوادگی زندگیش رو زیر و رو میکنه، تورو هوندای دبیرستانی ۱۶ ساله مجبور میشه زندگیش رو به دست بگیره و بره... به یه چادر! بدبختانه خونه جدیدش رو توی یه ملک شخصی متعلق یه قبیله مرموز به اسم سوما سر هم میکنه و خیلی طول نمیکشه که مالکین راز اون رو میفهمن. ولی تورو خیلی زود میفهمه که اون خانواده بهش پیشنهاد سرپرستی دادن و سوماها هم رازهای خودشون رو دارن...
ریماروِ خروشان اسم خزنده‌ای است که توسط ساتو میکامی ۳۷ ساله پس از آنکه به دست یه دزد کشته شد و به دنیایی خیالی رفت تصرف شد. حال که از بند زندگی معمولی و یکنواخت پیشین خود رها شده است، ماجراجویی جدید او به عنوان یه خزنده با قابلیت‌هایی منحصر به فرد و در دنیایی خیالی شروع میشود.
فویوزورا کوگاراشی توانایی ماوراء طبیعی دیدن را دارد و از زمان بچگی توسط ارواح تسخیر شده بود. این باعث دردسرهای زیادی در زندگی او شده بود، ولی او یاد گرفت تا دربرابر این ارواح شیطانی بجنگد. متاسفانه، او بسیار فقیر و آواره است و آرزوی داشتن زندگی دبیرستانی شادتر و معمولی تری دارد. در جستجویش برای خانه، به مسافرخانه‌ای ارزان به اسم یوراگی مانور برخورد که...