

«تاکاشی» یک پسره دبیرستانی و معمولی است. یه روز برای هواخوری از کلاس بیرون می آید و روی بالکن اصلی مدرسه مشغول فکر کردن به گذشته ی خودش می شود. ناگهان متوجه حمله یک زامبی به مدرسه و کشته شدن چندتا از مسئول های مدرسه میشود و می بیند که آنها به زامبی تبدیل شده اند. به کلاس بر می گردد و سعی می کند دو تا از دوستانش را از مدرسه خارج کند. «تاکاشی» به همراه بچه هایی که زنده مانده اند، سعی بر مبارزه با زامبی ها دارند...


دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.

ادامه اي بر سري اول Clannad، اين داستان مسير جديدي را در اين سري باز مي كند. زندگي براي تومويا ادامه دارد، چند ماهيست كه او به عشق خود، ناگيسا، رسيده است و با هم هستند. حال وارد شش ماه دوم مي شويم، تومويا به ديدن افراد متفاوت ادامه مي دهد و دنياي خود را بزرگتر مي كند، و نيز رابطه ي تومويا و ناگيسا وارد مرحله جديدي مي شود. در جريان ارتباط او با ناگيسا و برخورد با آدم هاي متفاوت تومويا معني و اهميت خانواده را درك مي كند. بعد از اينكه تومويا و ناگيسا تشكيل خانواده مي دهند در ادامه راه به يك سري سختي ها و چالش ها برمي خورند...

در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام هوکیادو برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال ۱۹۹۶ سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...


سال ۱۹۲۸ بعد از میلاد،نیویورک،آمریکا بعد از جنگ جهانی اقتصاد شکوفا شده و البته حضور چیزی تاریک تر و گناهکارانه تر خیلی بیشتر از گذشته احساس می شود،گناهکاران شیطانی.مجدلیه دستور تشکیل گروهی را می دهد تا این نیرو را نابود کنند دو تن از این گروه روزت کریستوفر و و دستیارس چورنو هستند. آنها هر دو عضو سازمانی این چنینی بوده اند هر چند هدف اصلی انان پیدا کردن برادر گمشده روزت،جوشو می باشد.