

داستان در شهر توکیو اتفاق می افتد، ده سال پیش در این شهربزرگ صنعتی دیواری به نام دروازه شیطان ظاهر می شود، دروازه ای که دارای هیچ دری نیست و بسیاری از مردم کشته می شوند و تغییرات زیادی به وجود می آید و همین موضوع باعث می شود انسان های فرابشری به نام Contractors (پیمانکارها) به وجود بیایند، آنها هیچ رحمی ندارند و کار آنها ترور و کشتن می باشد و...


در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.


یوییچی آیزاوا بعد از ۷ سال به جایی برمیگرده که محو ترین خاطرات بچگی اش به اونجا بر میگرده. اون تقریبا چیزی از این مکان و اتفاقاتی که توش افتاده یادش نمیاد و یا اینکه خودش نمیخواد که به یاد بیاره اما دیدار دوباره با افرادی که زمانی اون رو میشناختن باعث میشه خاطراتش برگرده. هم خاطرات خوب و هم خاطراتی که یک عمر از اونها فرار کرده.


هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...

کریشنا مورتی یکی از نویسندگان برجسته، دنیا را همانند یک پاندول ساعت می داند که این پاندول در حال نوسان است. اگر سمت راست گذشته باشد، سمت چپ آینده است و میان این دو زمان حال او اعتقاد دارد، هر چیزی که در ذهن ما است، گذشته مرده است، حتی خود فکر هم گذشته است. که داستان این انیمیشن هم مرتبط با این موضوع است.


سال ۱۹۲۸ بعد از میلاد،نیویورک،آمریکا بعد از جنگ جهانی اقتصاد شکوفا شده و البته حضور چیزی تاریک تر و گناهکارانه تر خیلی بیشتر از گذشته احساس می شود،گناهکاران شیطانی.مجدلیه دستور تشکیل گروهی را می دهد تا این نیرو را نابود کنند دو تن از این گروه روزت کریستوفر و و دستیارس چورنو هستند. آنها هر دو عضو سازمانی این چنینی بوده اند هر چند هدف اصلی انان پیدا کردن برادر گمشده روزت،جوشو می باشد.


Diclonius ها موجودات شبه انسانی هستند که گفته می شود از جانب خدا برای نابودی انسان انتخاب شده اند. آنها با انسان ها دو فرق اساسي دارند: شاخهايی که روي سرشان دارند و قدرت جابه جايی اجسام از راه دور که به خاطر اين قدرت خطرناکشون توسط دولت دستگير و در آزماشگاههايی ويژه نگهداری مي شوند . يکي از اين موجودات به نام لوسي (که به شدت خطرناک است) گاردهای محافظ آزمايشگاه را به طرز فجيعی به قتل ميرساند و فرار ميکند ولی موقع فرار يک گلوله به سرش اصابت ميکند. او نمی ميرد ولی در آب ميافتد و حافظه خود را از دست ميدهد. در ساحل پسر و دختری به نامهای کوتا و يوکا او را در حالی که لباسی برتن ندارد و تنها قادر به گفتن يک کلمه است مي يابند.« نيو» تنها کلمه ای است که لوسی قادر به گفتن آن است به همين علت کوتا و يوکا او را نيو مينامند و با خود به خانه می برند. ولي لوسی هنوز روح شيطانی خود را از دست نداده...