یست و شش سال پیش دانش آموزی به نام میساکی در یک کلاس سال سوم راهنمایی درس میخواند. او شاگردی ممتاز بود و در ورزش هم خوب بود. همچنین گیرایی و جذابیتش او را در بین همکلاسی هایش محبوب ساخته بود. وقتی او به طوری ناگهانی میمیرد، همکلاسی های او تصمیم میگیرند که تا هنگام فارق التحصیل شدن طوری به رفتارشان ادامه بدهند که انگار او هنوز زنده است. سپس، در بهار سال ۱۹۹۸، پسری به نام ساکاکیبارا کویچی به آن کلاس منتقل میشود، و جو ترسناک آنجا باعث براگیخته شدن شکش میشود. مخصوصا به دختری زیبا و گوشه گیر به نام مـِی میساکی که چشم بندی برچشم خود دارد و همیشه درحال نقاشی است. چیزی طول نکشید که کلاس ۳-۳ درگیر اتفاقاتی شد که…
"مادوکا" دختر بسیار مهربانی می باشد که مدتی است شب ها کابوس های بسیار وحشتناکی می بیند که در آن دختری با موهای سیاه در حال مبارزه با هیولا های ترسناک است. به همین دلیل او آرام و قرار ندارد تا زماتی که یک روز دختری با همان مشخصات، به مدرسه ی "مادوکا" می آید و او را نیز میشناسد. او به "مادوکا" پیشنهاد تبدیل شدن به یک دختر جادویی و مبارزه با جادوگران عجیب و غریب را میدهد...
ادامه اي بر سري اول Clannad، اين داستان مسير جديدي را در اين سري باز مي كند. زندگي براي تومويا ادامه دارد، چند ماهيست كه او به عشق خود، ناگيسا، رسيده است و با هم هستند. حال وارد شش ماه دوم مي شويم، تومويا به ديدن افراد متفاوت ادامه مي دهد و دنياي خود را بزرگتر مي كند، و نيز رابطه ي تومويا و ناگيسا وارد مرحله جديدي مي شود. در جريان ارتباط او با ناگيسا و برخورد با آدم هاي متفاوت تومويا معني و اهميت خانواده را درك مي كند. بعد از اينكه تومويا و ناگيسا تشكيل خانواده مي دهند در ادامه راه به يك سري سختي ها و چالش ها برمي خورند...
"ریوجی تاکاسو" به همراه مادر و پدر بد اخلاقش در خانه ای قدیمی زندگی می کند. "تایگا" دختری کوچک و درون گرا اما قدرتمندی است که در همسایگی آنها زندگی می کند. اما او نمی داند که چطور از خود مراقبت کند. "ریوجی" او را زیر پر و بال خود گرفته و به او کمک می کند...
یک دانش آموز دبیرستانی که علاقه زیادی به مدرسه و دیگران ندارد با دختر تنهایی که مجبور است برخلاف دوستانش یک سال از مدرسه را تکرار کند آشنا می شود. و تصمیم می گیرد با او دوست شده و...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضايي‌ها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآورده‌اند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از سامورايي‌هاي شکست‌خورده را با تصميم سختي رو‌به‌رو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آينده‌شان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق مي‌کند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، مي‌پذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازه‌ي کافي باشد. اما ...