در سال ۲۰۵۲ میلادی، جهان در صلحی بی‌سابقه به سر می‌برد که داروی مُسکن «هاپونا»، ساخته‌ی دکتر عصب‌شناس، اسکینر، نقشی اساسی در برقراری آن داشت. هاپونا که به عنوان یک «داروی معجزه‌آسا» بدون هیچ عارضه‌ی جانبی شناخته می‌شد، به سرعت در سراسر جهان توزیع گشت و انسان‌ها را از درد رهایی بخشید. اما روزی، خالق این دارو، دکتر اسکینر، به طور ناگهانی ناپدید شد و کسی از محل اختفای او خبر نداشت. سه سال بعد، اسکینر دوباره ظاهر شد، اما این بار نه به عنوان یک ناجی، بلکه همچون اهریمنی که قصد نابودی جهان را در سر داشت...
کوگانی کویتو به‌عنوان دختر نوجوان عبادتگاه در معبد تاکامیمی کار می‌کند و به هوس‌های ساکنان آن پاسخ می‌دهد: یک جن چند صد ساله که بازی‌های ویدیویی را به همان اندازه که از بیرون رفتن متنفر است، دوست دارد! هدایای خود را برای جن اوتاکو ردیف کنید—بعضی نوشیدنی های انرژی زا، چیپس و بازی های ویدیویی به خوبی انجام می شود—و تماشا کنید که دوستان جدید او در حال تقلا برای ادامه دادن هستند!
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...