در سده‌ی پانزدهم میلادی، شعله‌های کم‌فروغ اکتشافات عصر رنسانس، به تازگی در پهنه‌ی اروپا زبانه می‌کشند. با این وجود، در همین دوران، آنانی که گام در وادی نوآوری و کشف می‌نهند، به جرم بدعت‌گذاری و کفر، به کام آتش سپرده می‌شوند. در سرزمین لهستان، کودکی اعجوبه به نام رافال، امید می‌رود تا در آینده‌ای نزدیک، به یکی از نوابغ علم الهیات بدل گردد. اما سرنوشت، مسیر دیگری برای او رقم می‌زند؛ دیدار با مردی مرموز، رافال را به راهی رهنمون می‌سازد که فرجام آن، دستیابی به حقیقتی بدعت‌آمیز و ارتدادی است.
استاد جاسوس گرگ و میش در کاری که می‌خواهد مخفیانه در مأموریت‌های خطرناک به نام دنیایی بهتر انجام دهد، بهترین است. اما زمانی که او وظیفه نهایی غیرممکن را دریافت می کند - ازدواج کند و بچه دار شود - ممکن است بالاخره در سر او باشد! گرگ و میش کسی نیست که به دیگران وابسته باشد، کارش را برای او انجام می‌دهد و همسر و فرزندی را برای مأموریتش برای نفوذ به یک مدرسه خصوصی نخبگان به دست می‌آورد. چیزی که او نمی داند این است که همسری که انتخاب کرده یک قاتل است و فرزندی که او به فرزندی قبول کرده یک تله پات است!
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...