دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
داستان این انیمه در مورد پسر جوانی ترسویی به نام Yugi Mutou است که عاشق انواع بازی ها می باشد و مورد آزار و اذیت دوستانش اکثر مواقع قرار می گیرد روزی او موفق می شود یک پازل باستانی به نام Millennium Puzzle را حل نماید که حل این پازل باعث می شود که او تبدیل به یک قمار باز حرفه ای شود و روح مرموزی دربدن او نفوذ نماید و از این به بعد یک تاریکی در قلب او نفوذ می کند . بازنده های این مسابقات باید مجازات های تاریکی شوند و با نام Penalty Game نیز شناخته می شوند . او در بسیاری از بازی های کارتی برای کسی شانس برنده شدن نمی گذارد و در اکثر بازی ها برنده میدان است . یوگی و دوستانش متوجه می شوند که روحی که در پازل ها وجود دارد یکی از فرعون های مصر در زمان گذشته می باشد که حافظه اش را از دست داده است و با نام Pharaoh شناخته می شود و …
بارداک پدره کوگو بر علیه استاد توانا فریزا شورش می کنند و ...
این انیمیشن سریالی به ماجرای دختری باهوش و سرزنده به نام جودی که در یک پرورشگاه نگهداری می‌شود می پردازد. در اوایل سختگیری خانم مدیر که زنی جدی می‌باشد را به تصویر می‌کشد. در ادامه جودی آبوت به کمک حامی خود وارد مدرسه خصوصی می‌شود که جودی از حامی فقط نامی بیشتر نمی‌داند (آقای جان اسمیت) آقای جان اسمیت شخصیتی پنهان در دستان دارد و جودی فقط سایه‌ای از آقای جان اسمیت را در ذهن خود دارد ...