ناتسوکی سوبارو ، یک دانش آموز دبیرستانی ساده هست که درون یک جهان متناوب گم شده ، جایی که توسط یک دختر زیبای مو نقره ای نجات داده میشه . اون نزدیک دختر میمونه تا لطفش رو جبران کنه ، ولی سنگینی سرونوشتی که اون دختر به دوش میکشه خیلی سنگین تر از چیزی هست که سوبارو میتونه تصور کنه . دشمنان یکی پس از دیگری حمله میکنن ، و هردوی اونا کشته میشن و بعد اون متوجه میشه که قدرت اینو داره که مرگ رو باز پیچی کنه و به زمانی که تازه به این دنیا اومده برگرده . ولی اون تنها کسی هست که اتفاقاتی که افتاده رو به خاطر میاره .
داستان در سال ۲۱۳۸ اتفاق می افتد ، عصری که در آن بازی های واقعیت مجازی در اوج خود هستند. روزی یک بازی آنلاین محبوب به نام ایگدراسیل را تعطیل می کنند اما شخصیت اصلی داستان “مومونگا” تصمیم میگیرد از بازی خارج نشود. مومونگا به عنوان قوی ترین جادوگر به شکل یه اسکلت در می آید. جهان به عوض شدن ادامه می دهد و شخصیت های غیر بازیکن (NPC) ها دارای احساسات می شوند. مومونگا بدون والدین یا دوستی یا موقعیتی در جامعه ، تلاش می کند تا بر جهان تازه ای که بازی بوده چیره شود.
در مرز این جهان و جهان دیگر ۸ میلیون روح مرده وجود دارن که به خدایان و دیگر روح ها خدمت می کنن که سعی در کمک کردن در زندگی انسان ها دارن. یک دختر مدرسه ای به نام هیوری ایکی , زورگویی های همکلاسی هاشو تحمل می کنه و برای اینکه گریه کنه به دستشویی میره. روی دیوار دستشویی با خطی بد شماره تلفن و پیامی نوشته شده , “من مشکلات شما رو حل میکنم” بعد از اینکه هیوری با شماره تماس می گیره , با یک شخصیت بی خانمان و بیکاری روبه رو میشه که ادعا داره “خداست” خنگ و غیر قابل پیش بینی و بی ارزش, اون به دعا های مردم جواب نمیده و کسی هم بهش محل نمیذاره. اما اون…
"رین اوکومورا" که توسط "پدر فوجیموتو" یک جنگیر مشهور بزرگ شده، هیچگاه پدر واقعی خود را نشناخته. یک روز مشاجره ای سرنوشت ساز با "پدر فوجیموتو" او را مجبور می کند با حقیقتی وحشتناک روبرو شود، خون شیطانی وحشتناک در رگهای او جریان دارد...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...