رودو (Rudo) تو محله‌های پایین یه شهر شناور زندگی می‌کنه، جایی که فقیرا زیر سایه‌ی پولدارایی که زندگی لوکس دارن، گدایی می‌کنن و زباله‌هاشونو فقط می‌ریزن تو پرتگاه. ولی یه روز، رودو رو به دروغ متهم به قتل می‌کنن و این اتهام ناعادلانه باعث میشه یه مجازات وحشتناک بهش بدن: تبعید به بیرون از شهر، همراه با زباله‌ها. اون پایین، رو سطح زمین، زباله‌های آدما یه عالمه هیولای وحشی درست کرده. اگه رودو بخواد حقیقت رو بفهمه و از کسایی که پرتش کردن تو این جهنم انتقام بگیره، باید قدرت جدیدشو کنترل کنه و با هیولاهای غول‌پیکر زباله‌ای تو گودال روبه‌رو بشه.
پس از انفجار در یک کارخانه که به طرز مرموزی یک شهر را در زمان متوقف می کند، دو دانشجو با کودکی وحشی و مرموز روبرو می شوند. این دیدار، جرقه عشقی را در آنها برمی انگیزد که از نارضایتی آنها از زندگی روزمره شان ناشی می شود. این عشق، دنیای آنها را زیر و رو می کند...
داستان این انیمیشن در سال‌ها پیش جریان دارد. جایی که قهرمانی به یک دهکده وارد شده و همراه با خود، بدختی و سختی را نیز برای ساکنین آن به ارمغان می‌آورد. او همراه با خود، یک گنجینه را آورده بود که قدرت زیادی را به‌همراه داشت، اما دروغ‌هایی که از جانب همراهیانش به وی گفته شده بود، کم کم مشکلاتی را برای وی در این دهکده ایجاد کرد. نیروهای بیگانه از فضا به زمین آمده‌اند و قرار است که همراهشان تاریکی را به همراه داشته باشند. تنها این قهرمان و همراهانش هستند که می‌توانند در برابر آنها ایستادگی کنند.
داستان در اواسط دوره موروماچی، دهه ۱۴۷۰ بعد از جنگ اونین و بونمی شروع میشه. داستان در نوتو پنینسولای خیابان هوکوریکو شروع میشه. شخصیت اصلی (هیاکیمارو) که ۴۸ بخش بدنش رو نداره یه بدن مصنوعی میگیره که ۴۸ هیولایی که بدنش رو گرفتن رو نابود کنه.
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...