داستان انیمیشن از جایی آغاز می شود که «آنا ویلیامز» تصمیم دارد خواهرش «نینا ویلیامز» که اکنون برای تشکیلات میشیما زایباتسو کار میکند، را به دام بیندازد...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
R. Kenzo Tenma دکتر ژاپنی جوانی است که به عنوان جراح مغز در بیمارستانی که توسط Heinemann اداره میشود مشغول به کار میشود و مدارج ترقی را یکی پس از دیگری طی میکند و به موفقیت و اعتبار بسیار بالایی دست میابد و با Eva دختر Heinemann نامزد میشه اما او مخالف سیاست های درمانی ای است که بیمارستان در قبال بیماران مختلف اتخاذ میکند و...
در تلاش برای فرو کشاندن نزول و انحطاط رو به هرج و مرج خشونت بار بوسیله جوانان سرکش کشور، دولت ژاپن گروهی از بچه های دانش آموز را به جزیره ای دور افتاده و تنها می فرستد و ۳ روز به آنها مهلت می دهد تا تعدادشان را به یک نفر کاهش دهند که آن یک نفر نجات یافته ای تنبیه و تزکیه شده خواهد بود. گردن بندی حاوی مواد منفجره اطمینان می دهد که آنها از قوانین این بازی پیروی خواهند کرد...
