داستان انیمه برگرفته از رمانی به همین نام اثر ماکوتو شینکای می‌باشد که مخلوطی از عشق و معجزه است. دو نوجوان دبیرستانی پس از اینکه متوجه می شوند یه شکل عجیب و غریبی به هم مرتبط هستند و هرکدام در رویا خود را در قالب دیگری می‌بیند، تصمیم میگیرند برای اولین بار یکدیگر را ملاقات کنند...
داستان در مورد پسری به نام Takao هست که مدرسه را نادیده گرفته و می خواهد یک کفاش بشود؛ او در یک باغ ژاپنی، طراحی کفش می کند و روزی دختری به نام Yukino را ملاقات می کند و کم کم این ملاقات ها زیاد می شود اما تنها در روزهای بارانی این اتفاق می افتد...
آکاری و تاکاکی دو دوست بسیار صمیمی هستند که بعد از نقل مکان کردن خانواده آکاری از هم جدا میشوند ، با اینکه آنها از هم جدا هستند ولی از طریق نامه با همدیگر ارتباط دارند ، در این بین تاکاکی هم در میابد که هر روز و هر روز از بهترین دوستش دور تر و دورتر میشود و این باعث میشود که آکاری را برای آخرین بار ملاقات کند. بعد از ملاقات او با آکاری, عشقش به آکاری بیشتر میشود ولی روزها همینطور میگذرد و هم فاصله بین این دو بیشتر و بیشتر میشود و هر کدام در مسیری از زندگی قرار میگیریند ولی در این بین هر دو مصمم به این هستند تا باز هم به هم برسند و ...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
