بیست سال پس از رویدادهای انقلاب‌های ماتریکس، نئو در ظاهر عادی تحت هویت اصلی‌اش به عنوان توماس اندرسون در سان فرانسیسکو زندگی می‌کند و یک روانشناس به او برای مقابله با چیزهای عجیب و غریب و غیرطبیعی که او گاهی اوقات می‌بینید قرص‌های آبی تجویز می‌کند. او همچنین با زنی آشنا می‌شود که به نظر می‌رسد ترینیتی باشد، اما هیچ‌کدام یکدیگر را نمی‌شناسند. با این حال، نسخهٔ جدیدی از مورفئوس قرص سرخ را به او پیشنهاد و ذهنش را دوباره به دنیای ماتریکس باز می‌کند، دنیایی که در سالهای پس از آلودگی اسمیت امن‌تر و خطرناک‌تر شده‌است؛ نئو به گروهی از شورشیان می‌پیوندد تا با یک دشمن جدید مبارزه کند...
نگاهی به سالهای شکل گیری سوپراستار دواین 'The Rock' جانسون هنگام بزرگ شدن در طول زندگی...
مارگارت خمفریز کارمند تامین اجتماعی در انگلستان یک روز با شارلوت کوپر مواجه می‌شود که مدعی است سال‌ها پیش به استرالیا فرستاده شده و از مارگارت می‌خواهد که مادرش را در اینجا پیدا کند. پس از اقدام مارگارت، این مادر و دختر به هم می‌رسند و در کنار هم آرام می‌گیرند. مارگارت تصمیم می‌گیرد در مورد نمونه‌های مشابه تحقیقی انجام دهد و به زودی متوجه می‌شود که چند دهه قبل طبق توافقی که میان دولت انگلستان و استرالیا انجام شده بود، بچه‌های بی سرپرست یا بچه‌هایی با خانواده‌های مشکل دار از انگلستان اخراج و به استرالیا فرستاده شده‌اند. شارلوت تصمیم می‌گیرد این موضوع را با جدیت بیشتری دنبال کند و...
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
انیماتریکس، حاصل همکاری سه ساله بین برادران واچوفسکی (خالقین فیلم ماتریکس) و هنرمندان انیمیشن ژاپنی، کره ای و امریکایی می باشد. انیماتریکس در واقع مجموعه ۹ فیلم کوتاه می باشد که به شیوه انیمیشن ساخته شده اند و همه آنها، ارتباط تنگاتنگی با دنیای ماتریکس دارند...