کابوراگی، که به اتهام قتل بی رحمانه ای تحت تعقیب است، می گریزد و در ژاپن به فرار خود ادامه می دهد. ماتانوکی، کارآگاهی که مسئول پرونده اوست، به دنبالش است. با این حال، پس از گذشت ۴۸۸ روز از فرار کابوراگی، هنوز هیچ اطلاعاتی در مورد هویت واقعی و دلایل احتمالی او برای این جنایت در دست نیست.
یو کاتایاما مرد جوانی است که در روستای دورافتاده اما زیبای کامونمورا زندگی می کند. او از کودکی در آنجا زندگی کرده و به دلیل حادثه ای در گذشته قادر به ترک آنجا نیست. یو برای پرداخت بدهی مادرش در زباله دانی کار می کند.یک روز، میساکی ناکای از توکیو به کامونمورا باز می گردد. یو و میساکی دوستان دوران کودکی بودند. بازگشت او یو را تغییر می دهد...
هجده ماه پس از وقایع نسخه اول، دولت قانون بهبود اوضاع رسانه را تصویب می کند و این بار جنگ میان گروه های بهبود و Library صورت می گیرد. گروه Library با هرگونه سانسور مخالف است و بر آزادی بیان پافشاری دارد...
یوکی پس از قبول نشدن در امتحانات ورودی کالج و قطع رابطه دوست دخترش، تصمیم میگیرد در یک برنامه آموزشی جنگلداری شرکت کند....
خانواده ای به روستایی دور افتاده نقل مکان می کنند تا مسافرخانه ای کوهستانی را اداره کنند، اما مشتریان آنها دچار سرنوشت عجیب و وحشتناکی می شوند...
این بار گودزیلا با موجودی بیگانه و اسرارآمیز که تبدیل به هیولایی به نام "اورگا" می شود مبارزه می کند. آنها برای مبارزه نهایی در شهر شینجوکو به هم می رسند...