در طول عروسی تاکاگی و ساتو، یک مهاجم سعی می کند به ساتو حمله کند. اما تاکاگی در حین مجروح شدن از او محافظت می کند. مهاجم فرار می‌کند، اما ...
یک تک‌تیرانداز مرموز Shuichi Akai را مورد هدف قرار داده. مردم توکیو را وحشت فرا گرفته. هیچ کس هیچ چیزی درباره این تک‌تیرانداز مرموز نمی داند. حال آیا Shuichi زنده می ماند؟
ادامه اي بر سري اول Clannad، اين داستان مسير جديدي را در اين سري باز مي كند. زندگي براي تومويا ادامه دارد، چند ماهيست كه او به عشق خود، ناگيسا، رسيده است و با هم هستند. حال وارد شش ماه دوم مي شويم، تومويا به ديدن افراد متفاوت ادامه مي دهد و دنياي خود را بزرگتر مي كند، و نيز رابطه ي تومويا و ناگيسا وارد مرحله جديدي مي شود. در جريان ارتباط او با ناگيسا و برخورد با آدم هاي متفاوت تومويا معني و اهميت خانواده را درك مي كند. بعد از اينكه تومويا و ناگيسا تشكيل خانواده مي دهند در ادامه راه به يك سري سختي ها و چالش ها برمي خورند...