داستان انیمه به صدها سال قبل باز می‌گردد. جایی که انسانها بدست تایتان‌ها کشته می‌شدند اما عده اندکی از آنها موفق شدند در شهری با دیوارهای بسیار بلند (حتی بلندتر از بزرگترین تایتان‌ها) پناه بگیرند و جان سالم بدر ببرند. صد سال به همین منوال می‌گذرد تا اینکه...
پس از اینکه ۳ خلبان کمپانی Rostock بوسیله خلبان های کمپانی j۲ کشته می شوند شخصی به نام یوچی مامور می شود تا در منطقه ۲۶۲ به بررسی موضوع بپردازد. پس از ملاقات با مسئول تعمیر و نگهداری هواپیماها آنها متوجه می شوند که شخصی هواپیماهای آن ها را دستکاری کرده است. در ادامه گروهی از خلبانان جوان مامور مبارزه با گروه خرابکار می شوند...
در مدرسه سلاحهای پیشرفته "شینیگامی"، انسانها به عنوان استاد درس می خوانند. هر استاد همکار مخصوص به خود را دارد که می تواند به شکل یک اسلحه در بیاید. داستان درباره سه نفر از این اساتید به همراه سلاحهایشان است...
زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضايي‌ها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآورده‌اند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از سامورايي‌هاي شکست‌خورده را با تصميم سختي رو‌به‌رو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آينده‌شان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق مي‌کند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، مي‌پذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازه‌ي کافي باشد. اما ...
"فو" پیشخدمتی است که دو استاد شمشیر زنی "موگن" و "جین" را از اعدام نجات می دهد تا به او کمک کنند ساموراییِ که بوی گل آفتابگردان می دهد را پیدا کنند...