ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
تاکاشی کامیاما دانش آموز دبیرستانی عادیه - باادب، گوشه گیر و آروم با IQ یکم بیشتر از میانگین. ولی همچین دانش آموزی به مدرسه ی بدنام کرومارتی میره که به عنوان زمین سخت ترین مجرم ها شناخته میشه؟ ظاهرا تاکاشی همین کار رو میکنه، ولی دلیلی داره که ترجیح میده به کسی نگه. با این حال یچیزی قطعیه و اونم اینه که خرگوشی که وسط یه مشت شیر گرسنه افتاده باشه هیچوقت نمیتونه یه روز آروم دیگه رو بگذرونه.
در آینده ای نه چندان دور، سال ۲۰۳۰، خط میان زندگی دنیای مادی و دیجیتالی به هاله ای محو بدل شده است. حد و مرز تکنولوژی و انسانیت به گونه ای مافوق تصور فرا رفته و زندگی در دنیای الکترونیک همچون دنیای مادی در جریان است. با در هم آمیختگی انسان و ماشین گونه ی تازه ای از حیات سر بر آورده - گونه ای که به زودی انسانیت را برای همیشه دگرگون خواهد کرد...
دختری ۱۰ ساله در نقل مکان خانواده‌اش به حومه شهر، در دنیایی سرگردان می شود که توسط خدایان، جادوگرها، و هیولاها اداره میشود؛ جایی که انسان‌ها به شکل حیوانات در می آیند.
