سریال بله آقای وزیر ، مجموعه ای طنز گونه است که در آن یک وزارت‌خانه ساختگی به نام «وزارت امور اداری» که مانند همه وزارت‌خانه‌ها در دنیای واقعی باید شخصی به نام وزیر در رأس آن باشد را تصور کنید. این وزیر هم مانند همه وزراء معاون و منشی دارد و در جایگاه یک مسئول با طرحها و ایده‌های بلندپروازانه‌ای وارد کار می‌شود غافل از اینکه نظام اداری و کارمندانی که در این دستگاه جا خوش کرده‌اند همه نوع کاری می‌کنند تا بقای خود را تضمین کنند و در این راه در کسوتی ظاهر‌الصلاح و دلسوزانه به وزیر نزدیک می‌شوند اما آنچه که حاصل می‌شود نتیجه معکوسی بر جای می‌گذارد. کارمندان ارشد دستگاه و تشکیلات اداری حاضر نیستند به وزیر میدان دهند و از درآمدهای کلانی که به واسطه جایگاهشان به جیب می‌زنند چشم‌پوشی کنند. افکار وزیر و گرایشهای حزبی او به علاوه بلندپروازیهایش با منافع این کارمندان در تضاد قرار می‌گیرد و هر کسی می‌کوشد در این تنازع بقا پیروز میدان باشد.
یکی از اعضای مجلس اعیان از دنیا رفته و املاک خود را برای پسرش به ارث می گذارد. اما پسر او دیوانه بوده و فکر می کند "عیسی مسیح" است. اعضای دیگر خانواده اش تصمیم می گیرند املاک را از او بدزدند و...
"دکتر آنتون فیبس"،یک دکتر،دانشمند،موسیقیدان و محقق کتاب مقدس است که تصمیم دارد از نه پزشکی که فکر می کند در مرگ همسرش مقصر هستند انتقام بگیرد...
