سال ۲۰۳۴ است. دو سال از جدایی موتوکو کوساناگی از بخش ۹ می‌گذرد. حالا توگوسا رهبر جدید بخش بزرگ‌تر شدهٔ ۹ است. با ظهور یک هکر ماوراء الطبیعه به نام عروسک‌گردان، تیم با جرایم پیچیده‌ای روبه‌رو می‌شود...
rock کارمند ساده مرکز بزرگ تجاری در ژاپن است . تفریحات او به سیگار کشیدن و صد البته تیپا خوردن از روسایش خلاصه می شود. بر حسب اتفاق ، او توسط یک گروه دزد دریایی به گروگان گرفته می شود و این آغاز زندگی جدید اوست. پس از آزادی وی ترجیح میدهد که به زندگی با این افراد ادامه دهد . این گروه به اسم Black Lagoon معروف بوده و از افراد زیر تشکیل شده است :- Revy ملقب به تیر اندازبا هر دو دست دختری با اصلیت چینی _ ژاپنی ، قصی القلب و البته ماهر در تیراندازی- Dutch آمریکایی سیاه پوست دورگه که رهبر گروه بوده و هماهنگی بین افراد و گرفتن ماموریتها بر عهده اوست. Benny : دانشجوی فلوریدایی که استاد در زمینه مخابرات و کامپیوتر بوده و وظیفه ارتباطات گروه رو بر عهده دارد. بعد از پیوستن راک به این گروه ، انیمه به روابط بین افراد گروه و ماموریتهای آنها می پردازد.
انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...