این انیمه پایانی بر انیمه سریالی Neon Genesis Evangelion می باشد. NERV با یک حمله وحشیانه از سوی SEELE مواجه می شود، اما بدلیل اینکه آسوکا در کما به سر می برد و شینجی نیز دچار فروپاشی عصبی شده، همه چیز بزودی سورئال می شود.
وقتی فرشتگان در سال ۲۰۱۵ به زمین حمله می کنند، تنها گروهی از خلبانان ۱۴ ساله قابلیت متوقف کردن آنها را دارند."شینجی ایکاری" جوان ناگهان به عنوان خلبان رباتی غول پیکر، تنها چیزی که می تواند فرشتگان را متوقف سازد، انتخاب می شود و...
لاکپشت غول پیکر پرنده "گمرا" قصد دارد از مردم ژاپن در برابر یک یک پرنده عظیم الجثه ماقبل تاریخ محافظت کند، اما دولت ژاپن نیت او را اشتباه تفسیر میکند و...
در آینده ای دور که نیروهای ماورا الطبیعی به آن حکمرانی می کنند، دختری جوان از یک شکارچی خون‌آشام درخواست کمک می کند تا خون‌آشامی که او را گاز گرفته از بین برده و از تبدیل شدن او جلوگیری کند...