

داستان در مورد پسری به نام ایسوکایه که دبیرستانیه. در روز آخر تعطیلات بهاری شهری که ایسوکای زندگی میکنه بر اثر یک انفجار خیلی بزرگ از بین میره که ایسوکای در اون لحظه یک دختر زره پوش رو جلوی خودش میبینه.خواهر ایسوکای که به اسم کاتوری هست به ایسوکای میگه که این دختر برای خرابکاری آفریده شده و اون یک روحه به نام اسپیرت و هر زلزله ای که تو دنیا میشه زیر سر این دختره هست خود کاتوری هم این حقیقت رو فاش کرده که خودش فرمانده ی یکی از فرماندهان سازمان های ضد روحه به اسم راتاتوسکه و از شیدو میخواد که برای مدتی با اون دختر قرار بزاره. درخواست اون از شیدو اینه که اون ازش نمیخواد که دختره رو کاریش کنی فقط میخواد که عشق واقعی رو حس کنه و...


دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.


یوییچی آیزاوا بعد از ۷ سال به جایی برمیگرده که محو ترین خاطرات بچگی اش به اونجا بر میگرده. اون تقریبا چیزی از این مکان و اتفاقاتی که توش افتاده یادش نمیاد و یا اینکه خودش نمیخواد که به یاد بیاره اما دیدار دوباره با افرادی که زمانی اون رو میشناختن باعث میشه خاطراتش برگرده. هم خاطرات خوب و هم خاطراتی که یک عمر از اونها فرار کرده.

در خط زمانی متفاوتی ژاپن پس از جنگ به مناطق جداگانه تقسیم شده است. در یکی از این مناطق به نام هوکیادو برج بلندی ساخته شده است که حتی از توکیو نیز قابل رویت است. در تابستان سال ۱۹۹۶ سه دانش آموز به هم قول می دهند به وسیله هواپیمای دست ساز خود از مرز بگذرند و راز برج را فاش کنند...