«خاطرات آینده» در مورد یک پسر دبیرستانی به اسم آمانو یوکیتِرو است که زیاد اجتماعی نیست و دوستان زیادی ندارد، او از صبح که بیدار میشود هر چیزی که می بیند و هر اتفاقی که برایش رخ می دهد را توی تلفن همراهش می نویسد، در واقع تلفنش مثل دفترچه خاطراتش می ماند. تا اینکه یک روز، دِئوس، خدایی که درون تصوراتش خلق کرده بوده، تصمیم میگیرد او را وارد یک بازی جالب کند، بازی خاطرات آینده...
دولت ژاپن از لبه فروپاشی مالی توسط صندوق ثروت سلطنتی نجات یافت. با این حال، برای شهروندان آن، زندگی بهبود نیافته و بیکاری، جرم و جنایت، خودکشی و ناامیدی فراگیر است. کیمیمارو که پس از ناپدید شدن پدرش و مرگ مادرش توسط عمه مادری اش بزرگ شده است، یک دانشجوی بورسیه‌ای است که تنها رویایش زندگی پایدار و عادی است. یک روز او با مردی ملاقات می‌کند که به او مبلغ بزرگی از پول را پیشنهاد می‌دهد اگر اجازه دهد “آینده” اش به عنوان ضمانت نگه داری شود. از آن به بعد سرنوشت او به طور رادیکال تغییر می‌کند زیرا وارد حوزه‌ای مرموز به نام منطقه مالی میشود، جایی که باید در مسابقات هفتگی به نام “معاملات” رقابت کند تا پول خود را حفظ کند و از از دست دادن آینده خود جلوگیری کند.
یک ویروس کشنده به نام مدوزا در سراسر جهان همه گیر میشود. به منظور فرار از این ویروس کشنده تعداد انگشت شماری از مردم انتخاب می شوند و در کپسول هایی به منظور درمان در آینده قرار داده می شوند. کازومی یک دختر جوان یکی از ۱۶۰ نفری است که برای این منظور انتخاب شده و در داخل یک قلعه باستانی به خواب مصنوعی درون کپسول ها فرو برده میشود و...
دو برادر مادرشان را به دلیل یک بیماری لاعلاج از دست می دهند. آنها با نیروی علم کیمیا، از دانشی ممنوع برای برانگیختن مادرشان استفاده می کنند. اما کار آنها با شکست رو به رو می شود و به عنوان مجازاتی برای استفاده از این گونه کیمیا، برادر بزرگتر، "ادوارد الریک" پای چپش و برادر کوچکتر، "الفونس الریک" تمام بدنش را از دست می دهد. "ادوارد" برای نجات برادرش دست راستش را قربانی می کند و می تواند روح برادرش را به یک زره کامل پیوند بزند و "ادوارد" با کمک یک دوست خانوادگی اعضای بدن فلزی، "اتومیل"، را دریافت می کند تا آنها را جایگزین اعضای از دست رفته اش کند. با این کار او سوگند یاد می کند که به دنبال "اکسیر" بگردد تا خود و برادرش را به بدن های اولشان بازگرداند، حتی اگر این بدین معنا باشد که او یک "کیمیاگر ایالت" شود، یعنی کسی که از کیمیا برای ارتش استفاده می کند.
آینده کره زمین توسط موجوداتی هیولا شکل که به «فرشته» معروف هستند، تهدید می شود. یک سازمان امنیتی بنام NERV برای مقابله با این تهدید گروهی از خلبانان جوان را به کار گرفته است...
داستان در شهر توکیو اتفاق می افتد، ده سال پیش در این شهربزرگ صنعتی دیواری به نام دروازه شیطان ظاهر می شود، دروازه ای که دارای هیچ دری نیست و بسیاری از مردم کشته می شوند و تغییرات زیادی به وجود می آید و همین موضوع باعث می شود انسان های فرابشری به نام Contractors (پیمانکارها) به وجود بیایند، آنها هیچ رحمی ندارند و کار آنها ترور و کشتن می باشد و...
داستان از این قرار است که بیروس خدای تباهی پس از خواب طولانی دوباره بیدار شده است و می‌خواهد بر کل جهان مسلط شود اما گروه اژدها پس از مطلع شدن از این موضوع سعی دارند تا جلوی این اتفاق را بگیرند…
کریشنا مورتی یکی از نویسندگان برجسته، دنیا را همانند یک پاندول ساعت می داند که این پاندول در حال نوسان است. اگر سمت راست گذشته باشد، سمت چپ آینده است و میان این دو زمان حال او اعتقاد دارد، هر چیزی که در ذهن ما است، گذشته مرده است، حتی خود فکر هم گذشته است. که داستان این انیمیشن هم مرتبط با این موضوع است.
یاماتو آکیتسوکی تنهایی به توکیو برای درس خواندن در مدرسه ای که تو محله ای قرار داره سفر می کنه. او با خاله خودش که یه حمام عمومی مختص زنان رو در یه محله اداره می کنه زندگی می کنه و همزمان زندگی مدرسه ای معمولش هم آغاز میشه. یه روز، بر حسب تصادف به دختری در مدرسه برخورد می کنه و بی درنگ مفتون زیبایی اش میشه. بعدا از اینکه پی می بره اون دختر، سوزوکا، در واقع در همسایگی اش داره زندگی می کنه شوکه میشه. از اون موقع زندگی یاماتو رفته رفته رنگ و رویی دیگه به خودش می گیره.