"جیمز وبستر" پس از اینکه از خدمت باز می گردد و می بیند که برادرش را به قتل رسانده اند، به دنبال عاملان ماجرا می گردد، اما در نهایت متوجه می شود که این قتل، توطئه ای از سوی دولتمردان آمریکا بوده است...
داستان درباره ۴ لاک پشت نینجا به نام های لئوناردو، رافائل، میشل آنجلو و دوناتلو میباشد که باید در برابر دشمنی اهریمنی و بدجنس به نام "شریدر" ایستادگی نمایند و...