در شهری از مردگان که مدتهاست ویران شده و به دور از تمدن بشری است، فرزند یک انسان زندگی می‌کند. نام او "ویل" است، و توسط سه روح، بزرگ شده است: جنگجوی اسکلتی پرشور، خون؛ کاهن مومیایی زیبا، مَری؛ و جادوگر شبح‌وار دمدمی‌مزاج ، گاس. این سه نفر به پسر عشق می‌ورزند و هر آنچه که می‌دانند را به او می‌آموزند. اما یک روز، ویل شروع به پرسیدن کرد: "من کیستم؟" ویل باید رمز و رازهای سرزمین دورافتاده‌ی مردگان را آشکار کند و گذشته‌ی مخفی ارواح را کشف کند. او باید عشق و رحمت خدایان خوب، و تعصب و دیوانگی بدها را بیاموزد. و وقتی همه چیز را بداند، پسر اولین قدم خود را در راه قهرمان (جوانمرد) شدن برمی‌دارد.
درحالی که نیمه‌شب مشغول قدم‌زنی بود صدایی اسرارآمیز توجه او را به خود جلب می‌کند و به سوی صدا روانه می‌شود. «آی اوتو»، دختری ۱۴ ساله با دنبال کردنِ صدا یه تخم‌مرغ پیدا می‌کنه. صدای موردنظر با لفظی مجاب‌کننده خطاب به «آی» می‌گوید: «اگر خواهان تغییر آینده هستی، فقط کافیه همین الان تصمیم بگیری. حالا، به خودت باور داشته باش و اون تخم‌مرغ رو بشکن.»
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
یوکیهیرا سوما رویای تبدیل به بهترین آشپز را دارد . او در رستوران پدر خود در حال کار است و از یوکیهارو فارغ التحصیل میشه ، یک روز پدر او یوکیهیرا جویچیرو تصمیم به بستن رستوران خود می گیرد تا در اروپا آشپزی کند در حالی که او لگدمال شده بود ، روحیه سست شده سوما پا به مبارزه طلیده شدن توسط فارغ التحصیل نابغه کالجی به نام جویچیرو دوباره زنده شد . آیا او می تواند پیروز شود ؟ در آکادمی که در سال تنها ۱۰% از دانشجو هاش قبول می شود.
هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد...
یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله میکنند ...
شیاطین که زمانی تقریبا جهان را نابود کرده بودند توسط شخصی دوباره احیا می شوند.برای جلوگیری از نابودی جهان ...
در آینده ای دور و در دهکده ای کوچک، سایمون و کامینای کنجکاو که از محدودیت های اعمال شده بر دهکده توسط بزرگان آنجا خسته شده اند دستگاهی فانتزی را پیدا میکنند که متعلق به دنیای آسمانهاست، اما در همین حین صلح و امنیت حاکم بر دهکده توسط یک نفوذ خشونت آمیز از هم می پاشد و...
ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...
