۱۴ سال از پایان فیلم قبلی گذشته است، بیشتر جمعیت جهان تبدیل شده اند. «میساتو» گروهی جدا از «نرو» تشکیل داده است...
داستان در مورد اعضاي واحد شماره ۱ بخش تحقيقات جنايي از اداره ي امنيت عمومي و ماموريت هاي آنهاست. داستان زنان و مرداني که صرفنظر از تعبير شخصي خودشون از عدالت و قضاوت، انتخاب ديگه اي ندارند جز اينکه در اين سيستم کار کنند. اما عدالت حقيقي، چه چيزيه که اين افراد در نهايت بهش دست پيدا مي کنند؟
انیمه "هنر شمشیرزنی آنلاین" را می توان سبک متفاوتی از بین انیمه های ژاپنی دانست . در این انیمه زیبا ماجرا در آینده یعنی سال ۲۰۲۲ اتفاق می افتد. سالی که بشر پس از مدت ها تلاش موفق می شود تا تکنولوژی تولید کند که به وسیله آن می تواند انسان ها در دنیای مجازی قرار داده اما تمامی حس های انسان را نیز فعال نگه دارد. در این بین شرکت های بازی سازی به این سیستم روی می آورند و کنسولی با نام Nerve Gear ساخته می شود که در اولین روز شروع به کار آن ۱۰ هزار نفر وارد بازی و به رقابت با یکدیگر می پردازند. در این بین متوجه می شوند که امکان خروج از بازی امکان پذیر نیست و بعد از مدتی یکی از ناظرین بازی به آن ها اطلاع می دهد که در صورت شکست در این بازی، کنسول مغز شما را منفجر و شما را خواهد کشت. تنها راهی که کاربران از این ماجرا نجات پیدا می کنند این است که بازی را تا انتها ادامه و پیروز آن بشوند.
نبرد بر سر جام مقدس.سال ها پیش سه خاندان بزرگ جادوگری جام مقدس رو به کمک تمام قدرتشون احضار کردن تا به آرزشوهاشون برسن اما این جام تنها یک آرزو رو برآورده می کرد و همین باعث تفرقه بین این سه خاندان شد و جنگ های جام مقدس رو به وجود آورد.در این جنگ ها افرادی توسط جام انتخاب میشن و به اون ها خادمانی داده میشه تا از خودشون دفاع کنن و در نبرد شرکت کرده و به جام برسن و آرزوش خودشون رو برآورده کنند.نبرد چهارم نزدیک هست و اکثر خانواده های جادوگری به دنبال روشی مطمئن برای پیروزی در جنگ هستن تا هرکدوم به آرزوی خودشون برسن.خانواده اینزبرن از کریتسوگو امیای جادوگرکُش برای رسیدن به هدفشون یعنی تکمیل جادوی سوم ” احساس بهشت ” کمک گرفتند.خانواده توهساکا با کلیسا متهد شدند و پیر خاندان ماتو یعنی زوکن نیز دست به هرکاری میزنه تا خودش رو برای نبرد آماده کنه.در این بین افرادی از خانواده های دیگه ای هم به عنوان سَرور انتخاب شدن و وارد این بازی خطرناک میشن که ممکن هست به قیمت جونشون تموم شه…
"یوزورو اوتوناشی" پس از مرگش، در مدرسه به هوش می آید. گروهی از نوجوانان شورشی به رهبری "یوری ناکامورا"، مبارزه ای مسلحانه در مقابل دشمنی با قدرت ماورا الطبیعه که به آن "فرشته" می گویند را آغاز کرده اند...
زیر حملات دائمی فرشتگان،نرو دو خلبان جدید را معرفی می کند،ماکینامی اسرارآمیز و آسوکا قدرتمند.در همین حین گندو ایکاری و سیل پروژه ای مخفی را پیش می برند و...
شیئی باارزش به نام مهر پادشاه در حین انتقال به جامعه ارواح به وسیله گروهی مرموز دزدیده شده. توشیرو هیتسوگایا، کاپیتان بخش دهم، که برای انتقال مهر انتخاب شده، با رهبر دزدان مبارزه می کند و کمی بعد ناپدید می شود. پس از این اتفاق جامعه ارواح تشخیص می دهد که هیتسوگایا توشیرو خائن است و باید دستگیر و اعدام شود. کوروساکی ایچیگو این تصمیم را نمی پذیرد و به همراه ماتسوموتو رانگیکو، کوچیکی روکیا و آبارای رنجی تصمیم می‌گیرند تا مغز متفکر دزد مهر را برملا کرده و هیتسوگایا را پیدا کنند تا آزاد شود. در همین هنگام، یک شیاد به دنبال مجرمان می‌گردد و به رازی تاریک که مرتبط با یک شینیگامی مرده می باشد، پی می برد.
آینده کره زمین توسط موجوداتی هیولا شکل که به «فرشته» معروف هستند، تهدید می شود. یک سازمان امنیتی بنام NERV برای مقابله با این تهدید گروهی از خلبانان جوان را به کار گرفته است...
در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.