کادمی خصوصی هیاکائو برنامه آموزشی بسیار عجیبی دارد؛ در این مدرسه داشتن هوش و ذکاوتی که در خواندن کتاب بکار می رود و یا فرز بودن در ورزش و ورزشکار بودن نیست که شما را از دیگران جلو می اندازد، بلکه ثروت خانوادگی دانش آموز، داشتن تواناییِ خواندن دست حریف است که حرف مهمی در پیشی گرفتن دانش آموزان از همدیگر می زند. و چه راهی بهتر از “قمار” برای شکوفا کردن چنین استعدادی؟! در آکادمی هیاکائو برنده مانند یک پادشاه زندگی می کند و بازنده به فلاکت میرسد. و حالا دختری به نام “هیمکو جابامی” با هدف شکست دادن بهترین های این مدرسه پا به آکادمی هیاکائو می گذارد.
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
کاگیاما شیگئو ملقب به آ.کی.آ اوباش یک رتبه ی هشتمی در استفاده از توانایی های ذهنی و روانی! او از کسایی بود که وقتی بچه بود میتونست قاشق خم کنه و با قدرت ذهنش اشیاء را جا به جا کنه اما کم کم دیگه از قدرت هاش استفاده نکرد چون نمیخواست جلوی دید منفی مردم بیشتر از این قرار بگیره و در حال حاضر تنها چیزی که میخواست دوست شدن با دختری به اسم تسوبومی بود یکی از همکلاسی هاش! با تمام توانی که برای پوشوندن قدرتش از همه گذاشته بود مثل هر روز به زندگی روزمره ی خودش ادامه می داد و سعی می کرد در راه هدفش حرکت کنه!!
ناتسوکی سوبارو ، یک دانش آموز دبیرستانی ساده هست که درون یک جهان متناوب گم شده ، جایی که توسط یک دختر زیبای مو نقره ای نجات داده میشه . اون نزدیک دختر میمونه تا لطفش رو جبران کنه ، ولی سنگینی سرونوشتی که اون دختر به دوش میکشه خیلی سنگین تر از چیزی هست که سوبارو میتونه تصور کنه . دشمنان یکی پس از دیگری حمله میکنن ، و هردوی اونا کشته میشن و بعد اون متوجه میشه که قدرت اینو داره که مرگ رو باز پیچی کنه و به زمانی که تازه به این دنیا اومده برگرده . ولی اون تنها کسی هست که اتفاقاتی که افتاده رو به خاطر میاره .
وقتی دروازه‌ی الهی باز شد، دنیای زنده، آسمان‌ها و دنیای زیرین به هم متصل شدند و عصری از هرج و مرج را آغاز کردند که در آن خواسته‌ها و تعارضات به هم برخورد می‌کنند. برای بازگرداندن نظم، شورای جهانی تشکیل شد. همانطور که صلح برقرار شد، دروازه‌ی الهی به افسانه‌ای شهری تبدیل شد. در آن دنیا، پسران و دخترانی که توسط شورای جهانی مناسب شناخته شده‌اند، جمع می‌شوند. آنها کسانی هستند که با اهداف شخصی خود قصد دارند به دروازه برسند. کسانی که به دروازه می‌رسند می‌توانند دنیا را دوباره بسازند. چه چیزی پشت دروازه است؟ وقتی به در رسیدند، دنیا تغییر خواهد کرد؟ گذشته است که تغییر می‌کند یا آینده؟
چند سال پس از پایان جنگ شینوبی، بروتو پسرِ ناروتو تصمیم میگیرد در کنار ساراتا و میتسوکیِ مرموز در آزمون Chûnin شرکت کند...
یوکیهیرا سوما رویای تبدیل به بهترین آشپز را دارد . او در رستوران پدر خود در حال کار است و از یوکیهارو فارغ التحصیل میشه ، یک روز پدر او یوکیهیرا جویچیرو تصمیم به بستن رستوران خود می گیرد تا در اروپا آشپزی کند در حالی که او لگدمال شده بود ، روحیه سست شده سوما پا به مبارزه طلیده شدن توسط فارغ التحصیل نابغه کالجی به نام جویچیرو دوباره زنده شد . آیا او می تواند پیروز شود ؟ در آکادمی که در سال تنها ۱۰% از دانشجو هاش قبول می شود.
هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد...
داستان انیمه بر میگردد به زندگی شینجی ایزومی نوجوان ۱۷ ساله ای که به ناگاه در میابد دست چپ و راستش از حالت عادی خارج شده و تبدیل به وسیله ای ترسناک شده است و در ادامه خود را درگیر مبارزه عواملی ترسناک می بیند…