وقتی که مای ملودی (My Melody) به پادشاهی ابرها میره و یه عالمه دردسر درست میشه، آیا اون و کورومی (Kuromi) با دوستاشون می‌تونن خونه‌شون رو قبل از اینکه دیر بشه نجات بدن؟
نوزومی، پری امید، همیشه شاد و خوش بین است. او در دبیرستان با کوکو، یک پری مرموز ملاقات کرد و با دوستانش متحد شد تا علیه یک دشمن قدرتمند بجنگند. اکنون نوزومی و دوستانش بزرگسال شده اند و مسیرهای مختلفی را در زندگی خود پیموده اند. اما ناگهان، یک سایه مرموز ظاهر می شود و به انسان ها حمله می کند. نوزومی و دوستانش باید دوباره متحد شوند تا از جهان محافظت کنند.
گروه کازوما با نامه‌ای از یونیون مواجه می‌شوند که از آنها درخواست می‌کند به روستای قبیله شیطان‌های سرخ بروند. این روستا با تهدیدی روبرو است که ممکن است به نابودی آن منجر شود.
داستان در اواسط دوره موروماچی، دهه ۱۴۷۰ بعد از جنگ اونین و بونمی شروع میشه. داستان در نوتو پنینسولای خیابان هوکوریکو شروع میشه. شخصیت اصلی (هیاکیمارو) که ۴۸ بخش بدنش رو نداره یه بدن مصنوعی میگیره که ۴۸ هیولایی که بدنش رو گرفتن رو نابود کنه.
ناروتو یک نینجای جوان بود که استعداد عجیبی برای آزار و اذیت کردن دیگران داشت، او به رویای خود یعنی تبدیل شدن به قویترین و برترین نینجای دهکده خود رسید و سرانجام چهره‌ی صورت ائ را به عنوان هوکاگه در کنار دیگر هوکاگه ها برای یادبود قرار دادند. اما این بار دیگر داستان متعلق به ناروتو نیست بلکه درباره نینجاهای جوانی از نسل جدید است که آمده اند تا جا پای او و گذشتگان بگذارند و اتفاقاً سر دسته آنها پسر ناورتو، یعنی بروتو است...
چند سال پس از پایان جنگ شینوبی، بروتو پسرِ ناروتو تصمیم میگیرد در کنار ساراتا و میتسوکیِ مرموز در آزمون Chûnin شرکت کند...
هایوگا هانابی، خواهر کوچکتر هایونگا هیناتا، توسط بیگانه های اوتسوتسوکی تونری ربوده می شود، و ناروتو باید دست بکار شود تا خواهر کوچکتر عشقش را نجات دهد. زمانی که ناروتو قدرتمندترین فرم خود را از دست می دهد، توانایی هایش مورد آزمایش قرار می گیرد...
یک گروه مرموز از نینجاها به نام سو-نین که از کشور آسمان هستند به شهر کونوها حمله میکنند ...
داستانی آمیخته با عشق جوانی و موسیقی اسرار آمیز درباره رادیویی که توسط پدری به یادگار گذاشته شده و شخصیت زن داستان را به اعماق دنیایی مخفی راهنمایی می کند...