افسانه دانه سیب: رستاخیز ماشین‌ها داستان این پویانمایی ژاپنی دنون نوت (به انگلیسی: Deunan Knute)، یکی از اعضای «E.S.W.A.T» عضو حفاظت از اُلیمپیوس (به انگلیسی: Olympus) شده و بهمراه همکار و دل داده‌اش بریاریوس (به انگلیسی: Briareos) در این نیروی ویژه خدمت می‌کنند و هر وقت دردسری پیش می‌آید، فراخوانده می‌شوند. در این حین، عضو جدیدی به نام ترئوس (به انگلیسی: Tereus) به گروهشان می‌پیوندد و دوستی این دو را به چالش می‌کشد…
سال ۲۰۳۴ است. دو سال از جدایی موتوکو کوساناگی از بخش ۹ می‌گذرد. حالا توگوسا رهبر جدید بخش بزرگ‌تر شدهٔ ۹ است. با ظهور یک هکر ماوراء الطبیعه به نام عروسک‌گردان، تیم با جرایم پیچیده‌ای روبه‌رو می‌شود...
در آینده ای نه چندان دور، سال ۲۰۳۰، خط میان زندگی دنیای مادی و دیجیتالی به هاله ای محو بدل شده است. حد و مرز تکنولوژی و انسانیت به گونه ای مافوق تصور فرا رفته و زندگی در دنیای الکترونیک همچون دنیای مادی در جریان است. با در هم آمیختگی انسان و ماشین گونه ی تازه ای از حیات سر بر آورده - گونه ای که به زودی انسانیت را برای همیشه دگرگون خواهد کرد...
پسری به نام اینویاشا که نیم انسان است و نیم شیطان، دنبال سنگ مقدسی است و در جریان پیدا کردن این سنگ عاشق دختری به نام کیکیو می شود و می فهمد که سنگ مقدس دست کیکیو می باشد و به او می گوید که من با قدرت این سنگ مقدس به انسان تبدیل میشوم و با هم زندگی می کنیم ولی بعد از مدتی کیکیو می فهمد که او می خواسته با قدرت سنگ مقدس به یک شیطان واقعی تبدیل شود و موقع دزدیدن سنگ مقدس با یک تیر مهر و موم شده او را به درختی آویزان می کند و...