
ادامه اي بر سري اول Clannad، اين داستان مسير جديدي را در اين سري باز مي كند. زندگي براي تومويا ادامه دارد، چند ماهيست كه او به عشق خود، ناگيسا، رسيده است و با هم هستند. حال وارد شش ماه دوم مي شويم، تومويا به ديدن افراد متفاوت ادامه مي دهد و دنياي خود را بزرگتر مي كند، و نيز رابطه ي تومويا و ناگيسا وارد مرحله جديدي مي شود. در جريان ارتباط او با ناگيسا و برخورد با آدم هاي متفاوت تومويا معني و اهميت خانواده را درك مي كند. بعد از اينكه تومويا و ناگيسا تشكيل خانواده مي دهند در ادامه راه به يك سري سختي ها و چالش ها برمي خورند...


در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.


هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...


در ۱۰ آگوست سال ۲۰۱۰ کشور ژاپن به دستور امپراتور بریتانیا مورد حمله نظامی قرار میگیرد. ارتش بریتانیا با استفاده از ربات های جدید به نام Knightmare Frames که اخیرا تولید کرده موفق میشود کشور ژاپن را اشغال کند و از این به بعد اسم منطقه ۱۱ به کشور ژاپن داده میشود. Lelounch پرنس انگلیسی بعد از مرگ مادرش به دستور امپراتور بریتانیا (پدرش) به ژاپن فرستاده میشود تا شورشیان ژاپن را سرکوب کند. Lelouch با خودش عهد بسته که پدرش را به قتل برساند، امپراتوری بریتانیا را نابود کرده و انتقام مادرش را بگیرد تا اینکه...


زندگي در ژاپن فئودال آسان نيست. خصوصا حالا که فضاييها آمده و همه چيز و همه جا را به تصرف خود درآوردهاند! خب البته، اوضاع بيمه و بهداشت عالي شده، اما ممنوعيت عمومي استفاده از شمشير، بسياري از ساموراييهاي شکستخورده را با تصميم سختي روبهرو ساخته که همانا انتخاب مسير زندگي آيندهشان است! اين موضوع، خصوصا در مورد افرادي از جمله گينتوکي ساکاتا صدق ميکند که به شغل درازمدت و منظمي پايبند نيستند. اين شد که گينتوکي، دنبال شغل آزاد رفته و هر کاري به او پيشنهاد شود، ميپذيرد، البته تا جايي که حقوق آن به اندازهي کافي باشد. اما ...


پسری به نام اینویاشا که نیم انسان است و نیم شیطان، دنبال سنگ مقدسی است و در جریان پیدا کردن این سنگ عاشق دختری به نام کیکیو می شود و می فهمد که سنگ مقدس دست کیکیو می باشد و به او می گوید که من با قدرت این سنگ مقدس به انسان تبدیل میشوم و با هم زندگی می کنیم ولی بعد از مدتی کیکیو می فهمد که او می خواسته با قدرت سنگ مقدس به یک شیطان واقعی تبدیل شود و موقع دزدیدن سنگ مقدس با یک تیر مهر و موم شده او را به درختی آویزان می کند و...